生物菌肥根据其作用不同，又可分为5类：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。所有这些就是为了帮助提高土壤肥力，帮助消灭土壤、水和大气中的污染。上海原产地生物菌肥品质保障
有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。云南苹果生物菌肥复合微生物肥料：目的为生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。
拌种用菌肥量与种子大小有关，小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就多一些，拌有金宝贝菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中的微生物。5、喷施：也是一种用于追肥的施用方法。将生物菌肥先用少量水浸泡4-6小时，然后再加水进行搅拌，搅拌后用较细目布或尼龙纱网布过滤，将虑清液喷施在作物叶背面和果实上。整个生育期中，根据作物生长情况结合作物营养临界期和效应期喷施2-3次。喷施选在傍晚或无雨的阴天比较好。喷施追肥的方法适用于蔬菜和密播作物。喷施有明显增产效果，但效果一般要低于土壤施用效果。以土壤施用与喷施相结合效果比较好。
有数据显示，我们畜牧业排泄物总量居世界***，目前这些排泄物还田率很低，排入环境，造成了巨大污染，且多数未经腐熟无害化处理，不仅吸收利用效果差，还带入土壤很多病菌虫卵，导致更多病虫害。这亟需进行菌肥有机肥的转化利用；此外，我国农业废弃物数以亿计，这也是微生肥菌肥的宝贵资源。如果利用起来，加工成菌肥施入土壤后可以将贫瘠的土壤改造为肥沃的良田。这样种出的农作物健康、好吃、产量高、多卖钱！据统计，目前我国微生物肥料生产企业总数有1100多家，遍布除西藏外的30个省（区、市），年产量1200万吨，年产总值达200亿元，生物肥料累积应用面积2亿亩以上。生物菌肥中融合了多种有益菌种，相互协同作用，提供植物生长所需的营养和保护。
菌肥是土壤营养造就师微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。菌肥是“养分转化师”微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。生物菌肥以粉末或液体形式提供，易于施用于不同作物和土壤类型，操作简便，适用性较广。广西多功能生物菌肥品质保障
生物菌肥中的菌种经过精心培养和筛选，具有高活性和稳定性，能够在不同环境条件下发挥作用。上海原产地生物菌肥品质保障
天气虽然影响气温的变化，但是对地温来说，尤其是温室，地面深度越深，受气温影响也就越小。也就是说，即使气温是几度、十几度，但是地温可能保持在十几度、二十度，仍然在生物菌的活性范围内。对生物菌活性来说，中温高湿的环境适宜繁殖，秋季土壤墒情在一年四季当中都是相对很好的，土壤湿度、土壤温度都适合生物菌的大量繁殖。所以在秋季施用菌肥对作物有明显的促进作用，尤其是对果树来说，因为秋季是根系的第三个高峰生长期，施用菌肥会促进根系生长，促进树体发育。地温提升1℃，对土壤当中的微生物活性、种子发芽及生长发育都有很大的影响，上海原产地生物菌肥品质保障
