生物菌肥主要作用：提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。促进难溶的矿质营养释放：生物菌肥使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮细菌的生长。帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。增强植物抗病(虫)能力：生物菌肥中的微生物在土壤中能分泌***、杀虫剂及植物生长***。***及杀虫剂能杀灭植物病害及害虫的虫卵，植物生长***促进叶绿素含量升高，提高植物光合作用的能力。增强植物的抗逆能力：有些生物菌肥施用后，在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长过程的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。提高作物品质：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。有机肥和化肥施用的比列失衡造成土壤团粒结构的破坏和土壤微生物环境的改变。浙江功能性生物菌肥技术指导
微生物的秘密：有人问：凭什么把微生物肥料说的那么好？到底好在那了？答：“你可知道沙漠和良田的区别在哪里吗？”它的主要区别是良田里有有机质和微生物。我们常说，没有有机质，就没有肥沃的土壤。有机质对农作物是极其重要的，是农作物的重要营养来源。而土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质，是丰富的植物营养来源。同时，微生物与根系、根际土壤一起组成了农作物的‘肠胃’，很多有益微生物与根系形成互补共生关系，在农作物各种营养的转化和吸收过程中，发挥主要作用，矿物质元素多数依靠微生物的活动变为农作物可吸收的状态。而且有益微生物是农作物的卫士，协助抵抗病虫侵害。”山西原产地生物菌肥厂家批发价一般的生物菌持效期都是在90天左右。因为驯化后的活菌**多只能保持2~3代的现有性状繁殖，然后出现退化。
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果。
施用温度：要合理施用菌肥的比较好温度是22℃－35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土消毒后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再实行土壤消毒。不应同时使用菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂。一般先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。施用地块：生物菌肥的使用效果和土壤的情况有关。土壤太旱或太湿都不利于生物菌肥效力的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右。要适宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。对于生物有机肥，采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。生物菌肥如果在水田使用，比较好于清晨或傍晚采用喷施的方法国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能.江西经济型生物菌肥价格实惠
强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。浙江功能性生物菌肥技术指导
通过上表我们看到，有机物料腐熟剂同为执行《农用微生物菌剂GB20287-2006》的生物菌类产品，此类产品容易与农用微生物菌（肥）剂类产品混淆，注意要分清。此类产品的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)含量为亿个/g或mL，粉剂和颗粒都要求≥0.5亿个/g，而液体要求≥1.0个/mL）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月。浙江功能性生物菌肥技术指导
