有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌**适温度，土壤含水量是60～70%左右。 土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。西安茶叶生物菌肥
1、化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
2、化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅*需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
4、危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
5、化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
7、从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。 香蕉生物菌肥据国家前环保部部长陈吉宁介绍，据保守估计，目前我国大约有1/5的农地被污染。
来自河北省保定市满城区段旺村的葡萄果农李占国，前些年，因为果园偏盐碱。
种植七八年的“巨峰”葡萄出现黄叶现象，而且越来越严重，他于是加量施肥，结果黄叶越来越多，产量还降了，后来技术人员判断说是化肥使用过多，伤根严重。
于是改用菌肥进行调理，半年后，叶片宽大浓绿有光泽、厚实，比之前有很大改观。秋季收获时，葡萄上色好，均匀，糖度达19.3Brix%，甚是喜人！甘肃省平凉市静宁县威戎镇新胜村的果农王宏斌的果树树龄已12年，之前树势较弱，果子整体偏小，产量不高，连续使用菌肥后，树势增强，果个变大，亩产接近5000斤，成了名副其实的高产园。去年在其它果园果价1.5元左右的情况下，他的苹果以2.7元/斤的高价被果商收购。
有机肥存在粉剂和颗粒之分，生产颗粒有机肥有的也的确要经过高温，但是请注意：高温生产颗粒生物有机肥的工艺，并不是把菌种添加放在高温环节之前，而是放在高温环节之后。也就是在经过高温成粒之后，再将微生物菌剂喷在颗粒表面，这样做就保证了颗粒生物菌肥既成粒，又保持了菌种的存活率。
另外，颗粒菌肥有的生产工艺并不需要经过高温，比如圆盘造粒、挤压造粒等。这些物理造粒工艺，是将微生物菌直接添加在粉状有机物中，成粒后并没有破坏微生物菌的活性。
造粒后再加菌、加菌后不经过高温进行物理造粒，都是完全可行的、成熟的工艺，不存在颗粒状微生物菌剂是假的，粉状微生物菌剂是真的这样的说法。
国家标准规定，“农用微生物菌剂产品、液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。
土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有***、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥。碱性土壤宜施丝状微生物的***有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用其他状态存在的氮素养分。
其实土壤中微生物也很多，数量也很**部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。
酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在板结透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活。 增强植物的抗病能力。生物菌肥中的有益菌群能分泌植物促生物质和***，增强植物抗病能力。香蕉生物菌肥
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌***，***病原微生物的繁殖。西安茶叶生物菌肥
另外，相对于孢子来说，活菌的门槛是比较低的，它的生产工艺要求也没有那么高。因为孢子的休眠状态是在包装之前就发生了的，这一工艺在国内还存在着非常大的技术壁垒，目前并没有多少厂家能真正在包装之前使活菌进入休眠状态。
所以大部分生物菌的活菌在包装之前**多就是抽离水分的干燥处理而已，在包装过程中往往还有许多活菌处于活跃状态，它们在包装后的贮存期间必须进行自我休眠，但在这个过程中，活菌会死掉不少。这也是市面上活菌制剂的质量良莠不齐的主要原因之一。
而生物菌肥里的活菌往往在包装之后不能自动休眠，而始终处于活跃状态。一旦贮藏的时间过长，这些活菌基本上都死了，只剩下普通肥料的肥效。 西安茶叶生物菌肥
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