微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解0害物质等作用。
农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
按剂型可分为：液体、粉剂、颗粒型；
按内含的微生物种类或功能特性可分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
按照复合方式分为：微生物菌剂和复合微生物菌剂
农用微生物菌剂国家标准：（GB20287-2006）
复合菌剂：每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g（mL）；以单一的胶质芽胞杆菌制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。 复合微生物肥料：目的为生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。四川柑橘微生物菌剂
微生物是土壤的“清洁师”
微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，降低土壤污染的程度。
此外，土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌***，***病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传微生物对作物的危害，提高作物品质和产量。这就是土壤“清洁师” 桂林花椒微生物菌剂大量的镉、砷、铬、铅等重金属沉积在土壤中，导致土壤受到严重污染。
微生菌剂为**的微生物肥料被列入国家“十三五”生物产业发展重点产品。在国家宏观层面“***减药”、“化肥零增长”、“农业可持续发展”和“生态农业”等国家需求，离不开微生物肥料产业的发展，所以说市场发展前景看好。但微生物菌剂产品田间效果稳定性需要提高，由于土壤环境的复杂，微生物菌剂在根际的存活与竞争定植规律以及与植物根系分泌物互作过程等还需要进一步研究，微生物菌剂产品实际应用过程中会出现这样那样的问题，甚至给农业生产造成损失。
影响微生物菌剂质量主要是菌种与生产工艺，不同企业生产的同类产品质量差异大；不同生产批次间差异大。菌种和产品同质化问题严重，生产菌种（菌株/菌系）同质化、产品组合大多雷同，更新换代慢；不重视菌种的筛选、保藏、复壮等。配套生产工艺不尽合理，对于微生物菌剂精细化技术含量高的产品，生产工艺是决定产品质量的关键因素。有的企业斥巨资在生产设备上，而有的企业设备不配套，生产出的产品质量当然就会有高低。现在也存在不少企业主要凭经验生产，设备不配套，企业间的设备和工艺差距大。微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的灵魂和中心，必将在土壤健康的恢复中发挥重要作用。
很多时候，如果推广不到位，很容易让农户对微生物菌剂理解产生偏差，让农户陷入观念误区，影响了产品的深度推广。
微生物菌剂施入土壤，微生物生长是受环境影响的，并非使用后立马见效，也不是一次使用就长期见效。
部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。再者微生物菌剂是土壤中微生物的补充，加速分解，它不能替代化肥，用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。 化学肥料在农业生产上的大量应用使土壤板结、土壤微生物区系发生变化、土壤质量严重退化，环境受到污染。桂林花椒微生物菌剂
有机肥和化肥施用的比列失衡造成土壤团粒结构的破坏和土壤微生物环境的改变。四川柑橘微生物菌剂
其次，微生物菌剂促生根的持效期更长，不仅能够爆发式生根，还可以持续生根，且作物长势更健康。
我们都知道，生根粉的使用持效期短，且一般都有一个使用浓度范围说明，太低效果不明显或者没效果，太高不但没有效果还可能***生根或引起药害、伤根伤苗，甚至造成植物死亡。
比如，生根粉常用的主要是吲哚乙酸和萘乙酸钠，萘乙酸本身是促主根的，吲哚丁酸是促毛细根的，但萘乙酸容易出药害，轻者叶片卷曲，落花落叶，严重者直接***不长，更严重的直接死苗。 四川柑橘微生物菌剂
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