我们知道，常规蒸馏，不论常压下的，或者是真空下的粗真空蒸馏与低真空蒸馏，利用的原理都是根据不同物质的沸点差，也就是挥发性的不同，对其进行分离提纯。但是如果混合物的沸点相同或者很接近的情况下，常规的蒸馏就无法进行下去了。
而分子蒸馏利用的则是物质间不同的分子运动平均自由程来实现分离。什么是分子运动平均自由程？一个分子连续两次碰撞间飞行距离的平均值。它的大小取决于分子的密度。因此进行分子蒸馏需要满足的是混合物分子的平均自由程需要存在差异，且差异越大越好。而要满足足够大的分子运动平均自由程，就需要保证足够的低压，因此分子蒸馏的真空度比普通真空蒸馏要高很多。
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短程蒸馏(又叫分子蒸馏)是一种热分离工艺，用于分离热敏性产物。短程蒸馏的特点是产物停留时间短、工艺蒸发温度低，力求让蒸馏产物受到尽量小的热应力。可见，短程蒸馏是一种非常温和的蒸馏过程。
短程蒸馏配套真空系统，通过降低操作压力，达到降低产物沸点的目的。这是一种连续分离过程，其产物停留时间低至数十秒(而其他常规分离方法的停留时间达到数小时!)。
所以，在常规蒸馏工艺中(无论是连续的循环、膜式蒸馏，还是非连续的批次蒸馏)，由于高温、长停留时间而分解的产品，用短程蒸馏就能够顺利分离。例如，高分子有机化合物用常规蒸馏方法来分离时，较高工艺温度(如超过200℃)会导致其热敏性的分子链裂解。因此高分子有机化合物的分离几乎都会使用短程蒸馏。
短程蒸馏的工艺压力和温度范围通常在1到1x10-3 mbar、150到280℃。
短程蒸馏特别适合以下热敏性产物的蒸馏、蒸发、浓缩和汽提：
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短程分子蒸馏设备相比传统蒸馏设备具有技术优势。首先，短程蒸馏过程加热时间短，能够大程度地减少高沸点组分的热分解和氧化，保证了产品的品质和纯度。其次，短程分子蒸馏设备采用了高效的蒸发和冷凝系统，实现了从气态到液态的快速转化，提高了分离效率。此外，该设备还具备良好的操作灵活性和可调性，能够适应不同物料和分离需求的变化。短程分子蒸馏设备还具有节能环保的特点，通过优化能源利用和减少废弃物产生，降低了生产成本和环境影响。这些技术优势使得短程分子蒸馏设备在化工、制药、食品等领域得到了广泛应用和认可。
短程分子蒸馏设备的工作原理可以概括为加热、蒸发和冷凝三个主要步骤。在加热阶段，设备内部的加热器迅速将混合物加热至设定温度，使分子获得足够的能量转变为气态。在蒸发阶段，由于短程蒸馏的特点，分子在极短的时间内从液态转变为气态，减少了分子间的相互作用和碰撞，从而提高了分离效率。在冷凝阶段，设备通过高效的冷凝系统将气态分子迅速冷凝成液态，实现了物质的快速分离和提纯。此外，短程分子蒸馏设备还配备了精密的控制系统，可以实时监测和调整实验参数，确保实验的准确性和稳定性。短程分子蒸馏系统四大优势。
分子蒸馏是一种特殊的液体分离技术，它与传统蒸馏依靠沸点差分离原理不同，而是靠不同物质分子运动平均自由程的差别实现分离。分子蒸馏是一种在高真空下操作的蒸馏方法，蒸气分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面之间的距离，从而可利用料液中各组分蒸发速率的差异，对液体混合物进行分离。
在一定温度下，压力越低，气体分子的平均自由程越大。当蒸发空间的压力很低（100～10000mmHg），且使冷凝表面靠近蒸发表面，其间的垂直距离小于气体分子的平均自由程时，从蒸发表面汽化的蒸气分子，可以不与其他分子碰撞，直接到达冷凝表面而冷凝。当液体混合物沿加热板流动并被加热，轻、重分子会逸出液面而进入气相，由于轻、重分子的自由程不同，因此，不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同，若能恰当地设置一块冷凝板，则轻分子达到冷凝板被冷凝排出，而重分子达不到冷凝板沿混合液排出。这样，达到物质分离的目的。
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短程分子蒸馏系统特别适合以下热敏性产物的蒸馏、蒸发、浓缩和汽提：
制药业：
原料药、天然及合成维生素、稳定剂
精细化学品：
脱除硅油、树脂、聚合物中的单体，脱除预聚物中的异氰酸酯，脱除各种树脂中的溶剂和低聚物
香精香料：
从二酯和三酯中蒸馏单甘油酯，提纯欧米伽-3脂肪酸
石油化工：
蒸发分馏石油中的油组分和蜡组分，再分馏蜡组分得到硬蜡和超硬蜡，润滑油的生产
塑料行业：
聚氨酯预聚物，环氧树脂，丙烯酸酯，多元醇，塑化剂。
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