微生物鉴定系统的工作原理因不同的仪器和系统而异。不同的细菌对底物的反应不同是生化反应鉴定细菌的基础，而试验结果的准确度取决于鉴定系统配套培养基的制备方法、培养物浓度、孵育条件和结果判定等。大多微生物鉴定系统采用细菌分解底物后反应液中pH的变化，色原性或荧光原性底物的酶解，测定挥发或不挥发酸，或识别是否生长等方法来分析鉴定细菌。药敏试验分析系统的基本原理是将微量稀释在条孔或条板中，加入菌悬液孵育后放入仪器或在仪器中直接孵育，通过测定细菌生长的浊度，或测定培养基中荧光指示剂的强度或荧光原性物质的水解，观察细菌的生长情况。在含有培养基中，浊度的增加。每种病毒都有相应的病毒试剂。四川未知病原微生物筛查公司
病毒研究的发展常常与病毒培养和检测方法的进步有密切的关系，特别在脊椎动物病毒方面，小鼠和鸡胚接种、组织培养、超速离心、凝胶电泳、电子显微镜和免疫测定等技术，对病毒学的发展具有深刻的影响。噬菌体的培养和检测方法简单。将噬菌体接种到易感细菌的肉汤培养物中，经18～24小时后，混浊的培养物重新透明，此时细菌被裂解，大量噬菌体被释放到肉汤中，再经除菌过滤，即为粗制噬菌体。为了测定其中噬菌体的数量，将粗制噬菌体稀释到每一接种量含100个左右，与过量的细菌混合，然后铺种于琼脂平皿上，在温箱中培养过夜医学教育|网搜集整理，细菌繁殖成乳白色衬底，被噬菌体裂解的区域则在此衬底上表现为圆形的透明斑，称为噬斑。四川未知病原微生物筛查公司病毒的结构简单，只含一种核酸，必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的生物。
微生物检测中含有一种以上的微生物培养物称为混和培养物。如果在一个菌落中所有细胞均来自于一个亲代细胞，那么这个菌落称为纯培养(pureculture)。在进行菌种鉴定时，所用的微生物一般均要求为纯的培养物。得到纯培养的过程称为分离纯化，方法有许多种。先把微生物悬液通过一系列稀释，取一定量的稀释液与熔化好的保持在40-50℃左右的营养琼脂培养基充分混合，然后把这混合液倾注到无菌的培养皿中，待凝固之后，把这平板倒置在恒箱中培养。单一细胞经过多次增殖后形成一个菌落，取单个菌落制成悬液，重复上述步骤数次，便可得到纯培养物。
传统病原微生物检测方法是生化方法。生化方法检测病原微生物实际上是测定微生物特异性酶。由于各种微生物所具有的酶系统不完全相同，对许多物质的分解能力亦不一致。因此可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无，从而达到检测特定微生物的目的。如沙门氏菌能产生辛酯酶，这一性能是除沙门氏菌外的各属肠杆菌科细菌所不具备的。根据这一特性，甄宏太等报道了快速检测沙门氏菌的辛酯酶法。大肠埃希氏菌具β2葡萄糖醛酸酶，但以O157：H7为肠出血性大肠埃希氏菌(EHEC)却不具此酶，故β2葡萄糖醛酸酶阴性已成为初步筛查EHEC的重要特征。对于无菌药品生产来说生产区域的微生物种类非常有限。
微生物检测的相关知识：在保藏厌氧菌种或研究微生物的动力时常采用此法。做穿刺接种时，用的接种工具是接种针。用的培养基一般是半固体培养基。它的做法是：用接种针蘸取少量的菌种，沿半固体培养基中心向管底作直线穿刺，如某细菌具有鞭毛而能运动，则在穿刺线周围能够生长。浇混接种：该法是将待接的微生物先放入培养皿中，然后再倒入冷却至45℃左右的固体培养基，迅速轻轻摇匀，这样菌液就达到稀释的目的。待平板凝固之后，置合适温度下培养，就可长出单个的微生物菌落。高通量测序技术对核酸进行测序是非特异的。四川未知病原微生物筛查公司
传统的微生物检测方法：直接显微镜观察。四川未知病原微生物筛查公司
微生物鉴定还可以用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。因为各种噬菌体都有其严格的宿主范围，不同的细菌作为噬菌体的宿主对应有特定的已知特性的噬菌体，其和噬菌体的作用方式也有接合，转化，转接，溶原性转换和原生质体融合等多种方式。部分细菌可以采用血清学反应的方法来进行区分和鉴别，就比如说常见的疑似伤寒沙门菌的菌种鉴别，我们可以利用血清学反应，现有的已知的对应的血清学反应抗体，蘸取菌种液在抗体液中涂抹，看是否会出现血凝现象（即是否出现淡白色的凝集颗粒）。四川未知病原微生物筛查公司
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