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在保持组蛋白和DNA联合的同时，染色质被切成很小的片断，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，将目标片段（组蛋白发生特异标记的片段）沉淀下来。ChIP是利用抗原和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“protein A”特异性地结合到免疫球蛋白的Fc片段的现象合用开发出来的方法（免疫磁珠结合proteinA，proteinA结合抗体Fc段，抗体结合抗原即发生特异标记的组蛋白，这里要注意组蛋白是和DNA结合的，这样就把目标组蛋白和DNA的复合体沉淀下来了）。细胞实验外包再将组蛋白与DNA分离，用获得的DNA去做PCR分析和序列测定等检测技术，从而进一步检测哪些基因的组蛋白发生了修饰。
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