病毒相关知识：病毒是地球上数量多的生物实体，其中细菌病毒(即噬菌体)约有1031个类群，从海洋到陆地再到人体几乎都是它们的栖息地。研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。随着对病毒研究的普遍开展，“病毒组”与“病毒组学”的概念也应运而生，这些术语分别涵盖了栖息在生态系统中的所有病毒及其基因组和对它们的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根据病毒不同的特征进行分类，包括病毒的宿主范围；病毒的形态学；病毒的基因组大小；病毒的核酸组成成分以及病毒的致病性。虽然所有的性状在病毒分类学的确定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系统发育关系进行序列比较被视为定义和区分病毒群类的主要标准。快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时间内完成的检测方法。浙江微生物多样性分析公司
目前构建的病毒宏基因组学文库主要有载体克隆文库和基于高通量测序技术的加接头的文库。随着深度测序技术的不断发展，第二代高通量测序技术、第三代单分子测序技术已经普遍地应用于各项研究领域中，以454测序技术和Illumina测序技术为表示的二代测序法得到迅速推广用于构建病毒宏基因组文库，相信将来第三代测序平台如tSMSTM（truesinglemolecularsequeneing）技术平台、SMRT（singlemoleculereal-time）技术平台、FRET测序技术及纳米孔单分子技术为表示的第三代测序法也将应用于构建病毒宏基因组文库。Donaldson等[23]采用高通量测序技术构建了蝙蝠肠道的病毒宏基因组学文库，获得了600000条读长（Reads）的核酸序列。宏病毒组测序分析服务全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。
宏基因组测序技术注意事项：传统微生物检测由于时间长、阳性率低、检测目标单一，限制了传染疾病的诊治。宏基因组测序技术不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略。宏基因组测序以无需纯化培养、能够快速全方面的展示序列信息的优势，逐步在临床上得到了普遍应用。病原宏基因组测序检测出病原体并报告相应被检测出的序列数，再依据大数据库判定是否为致病病原体。然而不同的测序平台采用不同的数据库，再由不同的研发、临床和检验**解读，缺乏统一标准，结果也会出现差异。因此仍需将病原宏基因组测序检测数据和临床更好的结合，从而更准确鉴定致病病原体。
新发人畜共患病呈现逐年递增的趋势，人类想要征服新发人畜共患病，就必须提前发掘潜在的新的致病的病原，并针对新病原进行基因组分析、流行病学调查、致病机制及疫苗开发等方面的研究。病毒宏基因组学是在宏基因组学基础上发展起来研究特定环境中病毒的新兴技术，该技术结合深度测序技术（第二代、第三代测序技术）已经在人类、动物、特定环境中挖掘出大量的新病毒，该技术不依赖于病毒培养及病毒序列，在国内外被普遍应用于新发人畜共患病病原的挖掘与临床诊断。就病毒宏基因组学在动物病毒研究中的应用及研究进展进行了介绍。
对病毒全基因组进行测序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列。
对样本进行宏病毒组测序具有的意义：和细菌的宏基因组相似，病毒宏基因组也是旨在研究微生物群体中的物种分布规律和差异，通过大数据分析微生物群体的功能。通过对样本进行宏病毒组测序，我们可以了解单个样本里有什么病毒，相对含量是多少，优势物种是什么；还可以了解不同群体间物种分布有何差异，结合样本来源和其所属环境，指导下游的实验方向。于科研，好的群体和样本可以发表质量的学术论文；于临床，可以辅助临床医生进行微生物侵染类疾病诊断并在一定程度提供用药指导。随着数据库日趋完善，对样本进行宏病毒组测序以后，我们将获得越来越丰富的信息，它有朝一日会成为研究者非常常规的研究手段。微生物鉴定的传统的鉴定方法虽然仍被普遍使用。山东病毒多样性测序公司
未知病原微生物样本需要经历：核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程才能完成鉴定。浙江微生物多样性分析公司
目前技术的进一步成熟，未来二代测序病原体检测应进一步在成本下降、诊断标准完善、质量控制提升等方面进行完善。同时应进一步增加大样本量的研究，以建立中国传染病原体宏基因组学检测的标准规范。对于怀疑神经系统急性传染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2mL脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。在完成常规生物化学检查和培养之后，若3d内未获得明确的病原学依据且经验性抗传染无效，推荐对留存的脑脊液标本进行二代测序检测。若未留存标本，可重新采集标本（Ａ，Ⅱ）。浙江微生物多样性分析公司
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