离子交换层析 (IEC) 是一种简单、通用且经济高效的技术，已成为许多载体纯化的关键步骤。IEC分为阴离子/阳离子交换柱，其中AEC（Anion-exchange chromatography）适用于AAV纯化，是大规模AAV生产中去除空衣壳的主要手段。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点。空衣壳PI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒PI大致为5.9。AAV与基质之间的静电相互作用正是取决于衣壳的等电点(pI)和缓冲液的pH值。基于这一原理在正电荷固定相上进行样品的分离纯化，去除杂质（如空衣壳和部分衣壳），并有效地回收目的载体。一个美国客户对SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率进行了评估。福建上海倍笃生物高盐核酸酶70921-160
三种AAV载体的生产体系（三质粒瞬转体系、杆状病毒表达载体体系以及包装细胞体系） 中都会出现三种衣壳：完整衣壳（full capsid）、部分衣壳（partial capsid），和空衣壳（empty capsid）。其中完整衣壳包含正确的DNA序列，是人们所期待的产品；部分衣壳和空衣壳包含部分不包含目的基因，属于生产中的杂质，约占细胞生产的总AAV颗粒的50%-90%。空衣壳/部分衣壳有如下几种危害：1), 影响产品的纯度，2), 增加终产品的免疫原性，3), 与完整衣壳竞争infection细胞上的载体结合受体，抑制完整衣壳的转导，4),增加总体病毒载量。部分衣壳与空衣壳地存在严重地影响了AAV产品的安全性和有效性，因此监管机构强烈建议在整个生产过程中监控空/完整衣壳比（空壳率）。浙江高盐条件高盐核酸酶70921在AAV生产过程中盐浓度是纯化工艺的重要参数之一。
监管部门对HCD的残留量有明确的规定。美国FDA发布的指导原则中指出生物制品HCD残余限度为 100pg/剂，对于大剂量生物制品如单克隆抗体，根据其残留DNA来源及给药途径，残留量可放宽至 10ng/剂。细胞基因药物终产品的DNA残留有两种来源，分别是宿主细胞DNA（HCD）和转染用的质粒。质粒和HCD的存在形式不同，去除效率也差别很大。其中，质粒是裸露的DNA双链，带强负电荷，通过色谱纯化主要是离子交换能够很高效去除；HCD则是以核小体紧密折叠形成的染色质形式存在，几乎不以裸DNA形式存在，所以很难去除。
ArcticZymes Technologies产品大都来源于深海microbes中，具有一些共同的特性。1. 热不稳定性，使酶产品相对容易失活，简化工作流程，方便自动化过程；2. 低温活性，即在低温或常温下具有更高活性，缩短酶与底物的孵育时间，提高反应速度及效率；3. 耐盐特性，是指大部分酶产品能耐受较高的盐浓度，拓宽反应体系范围选择，在特殊体系的应用场景下具有更为出色的性能表现；4. 独特特性，极限酶类产品能够在非常规条件下进行酶促反应，让一些反应从不可能变为可能。在生物制品生产，如AAV载体及腺病毒载体疫苗生产中，宿主细胞DNA残留是关键质量参数之一。
一个美国客户做了对照实验，比较Benzonase和SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率。实验设计如下，HEK293细胞转染及培养后，分别取了150Million的293细胞进行裂解，分别在各自适宜的条件下（即SAN HQ组反应条件为500mM盐浓度，而Benzonase组反应条件是150mM盐浓度）加入等量的酶（0、2kU、3kU、4kU、5kU、6kU），37°孵育1hr，加入Picogreen染料后检测DNA的残留量。结果发现，SAN HQ高盐核酸酶组用更少的酶得到了更好的去除效果（即2kU的SAN HQ消化结果明显优于6kU的Benzonase），且SAN HQ的高纯化效率是非血清型依赖的。SAN HQ是生物工艺流程中去除核酸污染的理想选择。天津上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202
SAN HQ高盐核酸酶在低温下也能保持高活性。福建上海倍笃生物高盐核酸酶70921-160
通过三质粒瞬转体系生产病毒载体，会引入宿主细胞DNA残留（HCD）、蛋白残留（HCP）、工艺杂质（如antibiotics、核酸酶等外源物质）等污染，存在潜在的致瘤性和免疫原性等风险。药品监管机构一般允许生物制品中存在10ng/dose以下的残留DNA。此外，根据杂质来源、工艺以及产品类型不同，也会对HCD限度做不同要求。为了达到这个要求，一般通过核酸酶处理和色谱联用的方法。一般在细胞培养液裂解/收获、澄清收获及超滤浓缩等环节加入核酸酶处理，需要工艺摸索来确认处理方式。福建上海倍笃生物高盐核酸酶70921-160
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