二代测序相较其他微生物鉴别手段，技术层面的差异主要就是无差别、非特异地将样本中的核酸全部抓取进行测序，这是它能对完全未知的物种实现鉴别的根本原因。搭载大数据分析，就可以将获得的序列信息进行比对或者注释，获得准确的物种信息。实现这一目的，样本需要经历：核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程。因此，每一步的实验方案是否足够灵敏，决定了结果是否准确。进行了大量对病原和其他病原有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于未知病原的测序工作，从样本处理到核酸提取，从文库构建到数据分析，该流程自运行以来广受研究者们好评。
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微生物鉴定的用途：医疗保健：准确、快速地鉴定细菌和寄生虫，以进行正确和及时的疾病诊断，并进行适当的诊疗。流行病学：为了追踪病原体和追踪疾病的传播和暴发，以及鉴定新的隔离物，例如耐药隔离。制药工业：由于微生物是对无菌性的重大威胁，对环境微生物的准确鉴定通常是制药行业良好的生产实践(GMP)要求。其他用途：包括刑事调查、微生物取证和环境研究等。传统的微生物鉴定方法依赖于表型鉴定，主要是用染色法、培养法和简单的生化检验。宏观特征包括微生物的整体外观，其形状、大小、颜色和气味等，可以用肉眼看到。通过在琼脂培养基检查其形态学/宏观特征来确定微生物的类型。同一物种在不同的培养基中会出现不同的表现。
随机PCR未知病原微生物检测病原微生物检测的不可知性，使高通量测序成为研究这类病原微生物的有用工具.
微生物检测相关知识：微生物检测涉及多行业和领域，在实验室检测中有着重要的地位。将微生物接到适于它生长繁殖的人工培养基上或活的生物体内的过程叫做接种。划线接种这是常用的接种方法。即在固体培养基表面作来回直线形的移动，就可达到接种的作用。常用的接种工具有接种环，接种针等。在斜面接种和平板划线中就常用此法。三点接种是在研究霉菌形态时常用此法。此法即把少量的微生物接种在平板表面上，成等边三角形的三点，让它各自形成菌落后，来观察、研究它们的形态。除三点外，也有一点或多点进行接种的。
微生物鉴定能用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。因为各种噬菌体都有其严格的宿主范围，不同的细菌作为噬菌体的宿主对应有特定的已知特性的噬菌体，其和噬菌体的作用方式也有接合，转化，转接，溶原性转换和原生质体融合等多种方式。部分细菌可以采用血清学反应的方法来进行区分和鉴别，就比如说常见的疑似伤寒沙门菌的菌种鉴别，我们可以利用血清学反应，现有的已知的对应的血清学反应抗体，蘸取菌种液在抗体液中涂抹，看是否会出现血凝现象（即是否出现淡白色的凝集颗粒）。室内舒适的温度,湿度等环境条件,为各种有害微生物滋生创造了条件。
微生物快速检测技术相对于传统检测方法，快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时间内完成的检测方法，包括在样品制备、实验准备、操作过程中和自动化上加以简化的方法。目前，国际上对“短时间”的共识主要在于三个方面：1）理化指标的检测分析在2h内完成。2）应用于现场检查的能够在30min内完成。3）与传统方法相比，能够缩短1/2或1/3的时间。微生物快速检测设备方法主要有以下几种：微生物快速测试片技术；免疫检测技术；分子生物检测技术；传感器快速检测技术。
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传统病原微生物检测方法:生化方法。武汉病毒检测方法
未知病原微生物鉴定相关知识：在实验室中，为了分离某些厌氧菌，可以利用装有原培养基的试管作为培养容器，把这支试管放在沸水0浴中加热数分钟，以便逐出培养基中的溶解氧。然后快速冷却，并进行接种。接种后，加入无菌的石蜡于培养基表面，使培养基与空气隔绝。另一种方法是，在接种后，利用n2或co2取代培养基中的气体，然后在火焰上把试管口密封。有时为了更有效地分离某些厌氧菌，可以把所分离的样品接种于培养基上，然后再把培养皿放在完全密封的厌氧培养装置中。武汉病毒检测方法
