微生物检测中含有一种以上的微生物培养物称为混和培养物。如果在一个菌落中所有细胞均来自于一个亲代细胞，那么这个菌落称为纯培养(pureculture)。在进行菌种鉴定时，所用的微生物一般均要求为纯的培养物。得到纯培养的过程称为分离纯化，方法有许多种。先把微生物悬液通过一系列稀释，取一定量的稀释液与熔化好的保持在40-50℃左右的营养琼脂培养基充分混合，然后把这混合液倾注到无菌的培养皿中，待凝固之后，把这平板倒置在恒箱中培养。单一细胞经过多次增殖后形成一个菌落，取单个菌落制成悬液，重复上述步骤数次，便可得到纯培养物。
传统病原微生物检测方法：生化方法.随机PCR新病原筛查方法
微生物鉴定的传统的鉴定方法虽然仍被普遍使用，但存在两大缺点。它们只适用于可以体外培养的生物体，而且一些菌株表现出不符合已知种属模式的独特的生化特性。许多现代方法并不依赖于活的培养物，它们常常能揭示通过传统方法检测不到的有机体之间的细微差别。PCR，包括实时荧光定量PCR，可能是普遍应用于微生物鉴定的分子技术。利用PCR技术，可以快速检测和鉴定临床标本的微生物种类，从而加快诊断程序。大多数基于PCR的方法涉及一组通用的PCR引物，通过测序PCR扩增的序列来鉴定细菌/样品。16SrRNA基因是PCR细菌鉴定的金标准序列，而内部转录间隔区(ITS)区域是种类的主要条码标记。
杭州未知病毒检测上哪找病毒的结构简单,寄生性严格,以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。
鉴定未知病原体的技术：快速测试片是指以纸片、纸膜、胶片等作为培养基载体，将特定的培养基和显色物质附着在上面，通过微生物在上面的生长、显色来测定食品中微生物的方法。细菌总数检测纸片的研制始于20世纪80年代，其主要优点是简便、实用、经济、操作性强。近年来以滤纸Petrifilm为载体的测试片已开始被普遍应用。每个人一生中可能受到150种以上的病原体，在人体免疫功能正常的条件下并不引起疾病，有些甚至对人体有益，如肠道菌群（大肠杆菌等）可以合成多种维生素。
微生物鉴定能用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。因为各种噬菌体都有其严格的宿主范围，不同的细菌作为噬菌体的宿主对应有特定的已知特性的噬菌体，其和噬菌体的作用方式也有接合，转化，转接，溶原性转换和原生质体融合等多种方式。部分细菌可以采用血清学反应的方法来进行区分和鉴别，就比如说常见的疑似伤寒沙门菌的菌种鉴别，我们可以利用血清学反应，现有的已知的对应的血清学反应抗体，蘸取菌种液在抗体液中涂抹，看是否会出现血凝现象（即是否出现淡白色的凝集颗粒）。一般来说，在一定的培养条件下，同种微生物表现出稳定的菌落特征。
高通量测序应用于临床感鉴定高通量测序临床应用的劣势有：1)测序成本，尤其是海量数据的计算机辅助分析速度及成本；2)人体标本及标本处理过程均不是无菌状态，难以区分健康携带和污染信号，尤其是条件病原体；3)难以确定高通量测序锁定的可能病原体和目前疾病状态的因果关系。随着高通量测序成本的下降和云计算在线分析软件的使用，高通量测序正在逐步进入临床应用，而临床指导下的高通量测序和高通量测序指导下的病原体致病性判断是有效的临床应用路径。
由于各种微生物所具有的酶系统不完全相同对许多物质的分解能力亦不一致。山东病毒检测技术
病原微生物检测的不可知性,使高通量测序成为研究这类病原微生物的有用工具。随机PCR新病原筛查方法
微生物快速检测技术相对于传统检测方法，快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时间内完成的检测方法，包括在样品制备、实验准备、操作过程中和自动化上加以简化的方法。目前，国际上对“短时间”的共识主要在于三个方面：1）理化指标的检测分析在2h内完成。2）应用于现场检查的能够在30min内完成。3）与传统方法相比，能够缩短1/2或1/3的时间。微生物快速检测设备方法主要有以下几种：微生物快速测试片技术；免疫检测技术；分子生物检测技术；传感器快速检测技术。随机PCR新病原筛查方法
