慢病毒大规模纯化的捕获步骤包括：膜过滤澄清，随后切向流过滤/超滤或者体积排阻色谱浓缩。此外，需用核酸酶（benzonase或M-SAN HQ中盐核酸酶）来去除细胞残留的、质粒来源的DNA污染。这两个步骤顺序可以调整，依据项目工艺而定。两种工艺路线各有优缺点：先用核酸酶消化的优点是可去除大的DNA片段，且后续步骤可以去除残留核酸酶；但所用的核酸酶的量也非常大。与此相反，将核酸酶步骤后置的优点是大幅降低核酸酶的量(成本降低)；但后面的步骤必须有将核酸酶去除的能力。此外，后期用核酸酶的缺点是核酸污染可能会结合慢病毒颗粒形成沉淀，进而导致慢病毒在纯化中流失，从而影响得率。在150mM NaCl条件下，M-SAN HQ中盐核酸酶的酶切活性达到常规核酸酶的5倍左右。云南生理盐条件中盐核酸酶
市售的M-SAN HQ中盐核酸酶有三个规格，分别是25kU、500kU及5MU，分别满足研发初期及大规模生产各阶段的要求。通过SDS-PAGE检测蛋白纯度在99%以上。基于ArcticZymes Technologies的30年的酶学开发及大规模生产经验，M-SAN HQ的生产体系稳定，产品纯度高，批次一致性好，无蛋白酶活性。厂家开发出特异的缓冲液体系，使M-SAN HQ保存起来更加稳定，-15℃ - -30℃条件下保存4年没有活性下降。研究数据表明，经过5-6次的反复冻融，M-SAN HQ中盐核酸酶活性没有明显变化。浙江中盐核酸酶70950-150ArcticZymes致力于提供高质量产品，中盐核酸酶具有好的批间一致性、稳定可靠的质量。
ArcticZymes Technologies提供独特特性的盐活性核酸酶（Salt Active Nucleases，SANs）系列产品，主要包含SAN HQ高盐核酸酶和M-SAN HQ中盐核酸酶。这两款酶都是非特异核酸内切酶，跟Benzonase一样能高效降解任何形式（双链、单链、线状、环状）的DNA和RNA；都来自于深海microbes，通过Pichia pastoris发酵生产得到。这两款酶的区别在于发挥酶活的适宜盐浓度不同，——M-SAN HQ中盐核酸酶的适宜盐浓度在175mM-250mM，而SAN HQ高盐核酸酶的适宜盐浓度在400mM-600mM。
监管部门对HCD的残留量有明确的规定。美国FDA发布的指导原则中指出生物制品HCD残余限度为 100pg/剂，对于大剂量生物制品如单克隆抗体，根据其残留DNA来源及给药途径，残留量可放宽至 10ng/剂。细胞基因药物终产品的DNA残留有两种来源，分别是宿主细胞DNA（HCD）和转染用的质粒。质粒和HCD的存在形式不同，去除效率也差别很大。其中，质粒是裸露的DNA双链，带强负电荷，通过色谱纯化主要是离子交换能够很高效去除；HCD则是以核小体紧密折叠形成的染色质形式存在，几乎不以裸DNA形式存在，所以很难去除。相比全能核酸酶，M-SAN HQ中盐核酸酶能将HCD酶切成更小片段，破坏核小体结构。
除了获得载体的滴度及产量，生产慢病毒更关心的指标主要是各种污染物的去除。总DNA污染的去除百分比在99.1-99.84%，总蛋白污染物的去除百分比在99.85-99.9%。针对宿主细胞的DNA（HCD）及蛋白（HCP），有报道其去除百分比分别为99.8%和99.4%。因为不仅残存的DNA可能是个问题，而且DNA的大小以及由此引起的可能转移整个有功能的开放阅读框也是问题，因此监管机构对残存DNA污染的分子量上限的要求越来越高。例如，FDA的指南‘生产用于传染病适应症的病毒疫苗的细胞基质和其他生物材料的特性和鉴定’中说明，残留的细胞宿主的DNA片段不能超过一个功能基因的长度，估计在200bp左右。一般来说，生理盐条件相当于150mM NaCl溶液，而这正是中盐核酸酶较为适合的条件。青海M-SAN中盐核酸酶70950-202
生理盐浓度下，M-SAN HQ中盐核酸酶性能优于常用核酸酶。云南生理盐条件中盐核酸酶
宿主细胞DNA（HCD）残留以染色质形式存在，其中有带负电荷的DNA、带正电荷及疏水区段的组蛋白，就像胶带一样能够吸附很多物质，包括各种杂蛋白、色谱填料、目的病毒颗粒。非特异吸附杂蛋白，会影响蛋白杂质（如HCP）等的去除；吸附到色谱填料上，会降低色谱分离纯化效率；吸附到目的病毒颗粒时，会影响目的产物的稳定性，从而降低目的产物的得率。因此，从生产工艺层面来讲，一定要去除HCD，从而能够简化工艺、提高目的产物的产量。云南生理盐条件中盐核酸酶
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