上市后载体拷贝数安全性评价

使用核酸载体进行基因转导或修饰时，应持续关注细胞产品中载体系统的残留情况，分析外源在基因组中的插入位置、拷贝数等，监控基因编辑用酶的细胞内持续表达时间等，并在受试者给药后进行长期安全性监测。当基因zhiliao产品在生殖qiguan持续存在时，需要进一步研究确定其在生殖细胞（例如卵母细胞、精子）的暴露水平。根据载体类型、复制能力、基因组整合特性、剂量水平、给药途径等因素，分析评估基因zhiliao产品生殖系整合风险。基因zhiliao产品将遗传物质转移到宿主细胞内或整合到宿主基因组中或对宿主基因组进行编辑，存在潜在的遗传毒性风险。目前对于判断细胞基因组插入/修饰是否会产生遗传毒性、是否较终会发生变依然还缺乏系统的认知，因此，需要分析基因组改变（载体或遗传物质整合进基因组、对基因组编辑等）的特征，并评估相关潜在风险。一些整合性载体（如逆转录病毒、慢病毒、转座子）可将外源基因插入整合到细胞基因组中，这可能会导致关键基因突变或jihuo原基因，从而导致恶性风险增加。腺相关病毒的基因组为单链 DNA,外源 DNA 拷贝数病毒基因组拷贝数。上市后载体拷贝数安全性评价

ddPCR与qPCR在监测CART细胞拷贝数灵敏度比较，CAR-T细胞免疫zhiliao发展迅速，CAR-T细胞zhiliao后的动力学监测对患者随访至关重要，对指导接受CAR - T细胞zhiliao的患者的临床决策也很重要。在给药前，CAR - T细胞产品内的转基因副本信息，如载体副本数量，对保证患者的安全性非常重要。然而，目前还缺乏开放区域定量检测CAR - T细胞的实验方法。一些机构已经建立了内部分析来监测CAR - T细胞频率。2022年2月11日，MARIA‑LUISA SCHUBERT等团队在INTERNATIONAL JOURNAL OF ONCOLOGY 上发表了题为：Comparison of single copy gene‑based duplex quantitative PCR and digital droplet PCR for monitoring of expansion of CD19‑directed CAR T cells in treated patients的研究，将德国海德堡大学医院建立的定量(q)PCR检测方法，即基于单拷贝基因的qPCR与德国汉堡-埃彭多夫大学医学中心建立的数字液滴PCR检测方法进行了比较。这两种方法都是duli开发的，能够准确并定量比较CAR - T细胞频率，并在临床监测中起到重要作用。北京病毒载体拷贝数安全性评价用于检测单个CAR-T细胞的慢病毒载体拷贝数的方法。

质粒的不相容性通俗来说，就是一山不能容二虎。但是作为科学来说，我们需要一个严谨的定义。“利用同一复制系统的两个质粒会在复制和随后向自细胞的分配过程中彼此竞争，这样的质粒在细菌培养物中不能和平共处，这种现象称之为不相容性”。那要怎么才能在一个菌里面使用两个质粒呢？简单的方法就是使用不同复制源的且带有不同抗性基因的两个质粒。pUCori：复制起始点，pUC为高拷贝表达质粒（120-200个/细胞）。Amp：氨苄抗性，为原核抗性，用于质粒抽提时的筛选。U6promoter：U6启动子，真核启动子，启动shRNA的表达。CMV：真核启动子，启动ZsGreen1的表达。ZsGreen1：第三代绿色荧光蛋白，亮度比较高的的荧光蛋白。PGK：真核启动子，启动Puro的表达。Puro：嘌呤霉素抗性基因，真核抗性，用于质粒或病毒进入细胞后的筛选。Amp：氨苄抗性基因，原核抗性，用于质粒抽提时的筛选。WPRE：转录后调控序列，增加外源片段的表达效率。3’LTR、5LTR：逆转录病毒基因组两端各有一个长末端重复序列(5—LTR和3—LTR)，不编码蛋白质，含有启动子，增强子等调控元件。

利用ddPCR检测溶液中空载体的浓度和整合到T细胞群中的CAR和TCR载体的平均数量。ddPCR检测到的平均每个细胞的载体拷贝数与流式细胞术检测到的细胞转导比例呈线性关系。使用ddPCR与Real-time PCR的定量精度比较表明，ddPCR明显更精确，测量的差异减少了7倍，文中通过一些数据的比较说明了ddPCR具有更高的准确性和稳定性。使用ddPCR测定法通过不同的工作人员获得了类似的载体拷贝数测量结果，突出了该测定法在技术人员之间的可重复性。对新鲜的和冷冻保存的CAR T和TCR工程改造的T细胞进行的分析得出了相似的结果。说明ddPCR是一种准确定量CAR和TCR工程T细胞中平均载体拷贝数的强大工具。该试验也适用于其他类型的基因工程细胞，包括自然杀伤细胞和造血干细胞。如何提高低拷贝质粒的效率？

为促进及早发现此类风险并提供有效地风险控制措施，本指导原则在借鉴ICHE2E药物警戒计划、《药物警戒质量管理规范》和国内外风险管理计划相关指导原则的基础上，列举了CAR-T细胞zhiliao产品可能存在的安全性风险，以及常规和本类产品特异的额外药物警戒活动和风险较小化措施。CAR-T细胞zhiliao产品的风险识别应尽早开始，并在整个研发过程中持续进行，以在可能的情况下预防、较小化风险。随着对风险认知的变化，应及时更新风险管理计划。本指导原则包括CAR-T细胞zhiliao产品申报上市临床风险管理计划的结构和内容，重点就撰写CAR-T细胞zhiliao产品风险管理计划时的特殊考虑进行描述，CAR-T细胞zhiliao产品申报上市临床风险管理计划还应参考ICHE2E、《药物警戒质量管理规范》以及我国药品监管机构发布的有关技术指导原则。随着技术的发展和相关研究数据的积累，本指导原则也将适时进行更新。新型CAR/TCR T细胞临床产品中载体拷贝数的定量—数字PCR法。上市后载体拷贝数安全性评价

如何计算质粒的拷贝数？上市后载体拷贝数安全性评价

Southern blot 是一种常用的 DNA 定量的分子生物学方法。其原理是将待测的 DNA 样品固定在固相载体（硝酸纤维膜或尼龙膜）上，与标记的核酸探针进行杂交，在与探针有同源序列的固相 DNA 的位置上显示出杂交信号，通过检测信号的有无、强弱可以对样品定性、定量，从而计算出转入的拷贝数。 Southern 法准确性高、特异性强，但存在费时费力的缺点。实时荧光定量PCR，其定量的基本原理是在PCR反应体系中加入非特异性的荧光染料（如：SYBRGREENI）或特异性的荧光探针（如：Taqman探针）。上市后载体拷贝数安全性评价