荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、**基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。免疫荧光标记**常用的染料有异硫氰酸荧光素(fluoresceinisothiocyanate,FITC)、藻红蛋白(PE)以及AlexaFluor系列染料等。核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。青海荧光染料
蛋白荧光标记技术是目前**为常见的蛋白体外标记技术，利用级联放大反应原理，将极度敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。该技术在具有高度精确性的荧光显微镜下，借助高度灵敏性的荧光检测，在各种生物过程中对目的蛋白进行可视化，从而通过抗原抗体高度特异性免疫定量表达或在细胞研究中定位。蛋白荧光标记已成为研究蛋白质互作、酶活性、***示踪以及细胞分选重要工具。蛋白标记常用荧光染料随着蛋白荧光标记技术不断发展，各类荧光素广泛应用于生物实验中，目前常用标记蛋白/抗体的荧光素主要有BODIPY类、香豆素类、罗丹明类、近红外类、NBD胺类以及菁染料等。南京星叶生物科技有限公司提供多种性价比高的各类活化荧光素，其荧光染料覆盖波长范围从350nm到790nm，例如Cy系列、SuperFluor系列（效果同AlexaFluor系列）等，用于标记抗体、多肽以及蛋白功能基团，继而生成分子探针，通过荧光成像进行相应检测。广西荧光染料luciferin吲哚菁绿（Indocyanine Green，简称ICG）是一种广泛应用于医学和生物领域的荧光染料。
罗丹明属于呫吨族。与市场上的许多其他染料相比，罗丹明具有出色的光稳定性以及许多光物理特性，使其非常适合用作激光染料、荧光探针和颜料。它们在聚合物纳米粒子表面的表征、聚合物-生物偶联物的检测、活细胞的成像以及寡核苷酸在胶乳上的吸附分析等方面特别有用。罗丹明荧光染料的衍生物也用作：分子开关，病毒表面修饰，化学传感器，硫醇。不同类型的染料通过它们各自的取代基（R1、R2、R3、R4和G）来区分。由于它们的差异，这些荧光染料在溶液中也表现出不同的光物理特性（例如不同的荧光寿命和发射比较大值）。氨基被刚性化的罗丹明染料无论温度范围如何都表现出高量子产率，而在每个氮处具有两个烷基取代基的那些表现出活化的内部转化，量子产率和荧光寿命随温度的变化而变化。罗丹明101和罗丹明B是一些**常用的罗丹明染料具有以下特点：--羧基倾向于在酸性溶液中质子化--染料转化为两性离子碱性溶液--两性离子染料在极性较小的有机溶剂中变为无色内酯要将罗丹明用作荧光探针，必须对其进行修改。这可以通过(thexanthenemoiety)氨基、羧基苯基环或羧酸基团的修饰来实现。与TRITC一样，罗丹明(NHS-rhodamine)的荧光特性为544nm（比较大吸收波长）和576nm（比较大发射）。
DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族亲脂性的荧光染料，可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。当与细胞膜结合后其荧光强度**增强，这类染料有着很高的淬灭常数和激发态寿命。一旦对细胞染色，这类染料在整个细胞膜上扩散，比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。它们的荧光颜**分明显：DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）这使得他们可以用来对活细胞进行多色成像和流式分析。DiI和DiO可以分别用标准的 FITC和TRITC的滤光片。DiD可以用 633 nm He–Ne 激光器激发，有着比DiI更长的激发波长和发射波长，在细胞和组织染色中更有价值。 DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在***成像中用来示踪。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。
一种发光杂环化合物，存在于生物发光的生物体中，如萤火虫。在含有三磷酸腺苷的情况下，通过荧光素酶氧化脱羧产生光。可用于荧光素酶生物发光成像和细胞高通量筛选应用。D-荧光素（D-Luciferin）是萤火荧光素酶底物，其量子效率为0.88，是Luminol的20倍。反应原理：首先，在镁离子存在下荧光素酶使荧光素与ATP反应，接着它被氧化形成二氧杂环丁烷结构并发出黄绿色的光。Luciferin-luciferase发光用于ATP监控以测定细胞活力以及细菌计数。它还用于报告基因检测。可与小动物***成像系统配套使用，用于标记LUC基因后的体内***荧光检测。D-荧光素游离酸（D-Luciferin,freeacid）、D-荧光素钾盐（D-Luciferin,potassiumsalt）和D-荧光素钠盐（D-Luciferin,sodiumsalt），钾盐、钠盐的形式是**通用的，因为它们都易溶于水。钾盐也是***动物检测使用的主要形式。它们的激发和发射波长分别为328nm和533nm。染料DiI, DiO, DiD 和 DiR是一类亲脂性荧光染料家族，用于标记细胞膜和疏水性组织。青海荧光染料
CY5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。青海荧光染料
1.DiD，DiO，DiI，DiR和DiS细胞膜染色液制备（1）配置DMSO或EtOH储存液：储存液用DMSO或EtOH配置浓度1～5mM。注意：未使用的储存液保存在-20°C，避免反复冻融。（2）工作液制备：用合适的缓冲液（如：无血清培养基，HBSS或PBS）稀释储存液，配制浓度为1～5µM的工作液。注意：工作液的**终浓度是根据不同细胞和实验的经验来配制。可以从推荐浓度的十倍以上寻找比较好条件。
2.悬浮细胞染色（1）悬浮细胞密度为1×106/mL加入到工作液中。（2）在37℃培养细胞2～20分钟，不同的细胞比较好培养时间不同。（3）染色细胞试管在1000～1500转离心5分钟。（4）倾倒上清液，再次缓慢加入预温37℃的培养液。（5）重复（3），（4）步骤两次以上。 青海荧光染料
