病毒宏基因组测序的研究案例:噬菌体是粪便病毒组的主要成员,粪便病毒组移植(FVT)或能有效的调节肠道菌群。在该项概念验证试验中发现,接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后,饲喂高脂食物的小鼠体重增长变慢,同时还能保持正常的血糖指标,FVT引起的肠道菌群变化介导了这些保护性功能代谢作用。这项研究表明,FVT疗法或能用来改善肥胖和糖尿病等肠道菌群相关代谢类疾病。对噬菌体不造成损伤,大程度保证了病毒活性,适用于下游FVT研究。宏病毒组学(ViralMetagenomics)是宏基因组学的一个分支,但与传统的宏基因组学概念不同,它是在宏基因组学概念的基础上,结合病毒自身的特点,将宏基因组学方法应用到病毒学领域而形成的。宏基因组测序是通过比对数据库,得到病原体的信息。广州宏病毒学测序分析检测
宏基因组测序的挑战:背景干扰,病原样本深藏在大量宿主和其它微生物之内,临床病原常为起始量低,背景噪音大的复杂样本,大量宿主信号掩盖了微量病原信号,致使敏感性偏低,难以有效区分。另外,因为RNA病毒需先转化为互补DNA(cDNA)再进行测序,因此病原宏基因组测序技术对RNA病原体检出率比DNA病毒更低。可以考虑对核酸样本进行特殊的处理,对病毒序列进行特异性富集,再进行建库测序。质量控制:病原宏基因组测序技术涉及一系列繁琐的实验操作过程,例如文库构建涉及到基因组打断,测序接头链接,全基因组扩增等多个步骤,每一步骤的目标是要每个分子都以相同的效率执行每个步骤,打断有损失,连接有差别,扩增有偏好,都会带来检测误差。广州宏病毒学测序分析检测微生物鉴定的用途:医疗保健:准确,快速地鉴定细菌和寄生虫,以进行正确和及时的疾病诊断。
传统微生物检测由于时间长、阳性率低、检测目标单一,限制了传染疾病的诊治。宏基因组测序技术不依赖于微生物的分离培养,克服了传统的纯培养方法的技术限制,为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略。宏基因组测序以无需纯化培养、能够快速全方面的展示序列信息的优势,逐步在临床上得到了普遍应用。病原宏基因组测序检测出病原体并报告相应被检测出的序列数,再依据大数据库判定是否为致病病原体。然而不同的测序平台采用不同的数据库,再由不同的研发、临床和检验解读,缺乏统一标准,结果也会出现差异。因此仍需将病原宏基因组测序检测数据和临床更好的结合,从而更准确鉴定致病病原体。
上海探普生物科技有限公司对样本进行宏病毒组测序以后的数据分析是如何进行的?寄生性质的生物下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点,优化了自有数据库,搭载了的生物信息学分析流程,可处理复杂背景下的目标物种序列。生物信息学流程主要包括,1,基于数据库,去除宿主数据和其他微生物数据,筛选出目的序列,然后进行序列组装,物种分类,丰度统计。样本数量达到一定标准还可以进行差异分析。现有数据库不够完善,出于对数据真实性的尊重,探普生物一般不进行功能相关的分析,预测性质的分析可以根据具体项目评估数据库质量后进行。可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无,从而达到检测特定微生物的目的。
病毒宏基因组测序研究案例:噬菌体是粪便病毒组的主要成员,粪便病毒组移植(FVT)或能有效的调节肠道菌群。在该项概念验证试验中发现,接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后,饲喂高脂食物的小鼠体重增长变慢,同时还能保持正常的血糖指标,FVT引起的肠道菌群变化介导了这些保护性功能代谢作用。这项研究表明,FVT疗法或能用来改善肥胖和糖尿病等肠道菌群相关代谢类疾病。对噬菌体不造成损伤,大程度保证了病毒活性,适用于下游FVT研究。宏病毒组学(ViralMetagenomics)是宏基因组学的一个分支,但与传统的宏基因组学概念不同,它是在宏基因组学概念的基础上,结合病毒自身的特点,将宏基因组学方法应用到病毒学领域而形成的。可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无,从而达到检测特定微生物的目的.广州宏病毒学测序分析检测
可以通过控制微生物的生长环境来判断微生物的种属类型。广州宏病毒学测序分析检测
病毒宏基因组学(Viralmetagenomics)是宏基因组学的一个分支,指研究特定环境中的病毒群落的一门技术。近年来随着新测序技术的不断发展,尤其是第二代、第三代测序仪的出现,使病毒宏基因组学发展尤为迅速。对海洋中病毒群体进行了研究,阐明海水中病毒群体以噬菌体为主,并且是应用宏基因组学分析人粪便中不能培养的病毒群落,标志病毒宏基因组学的开端。病毒宏基因组学这一概念,其描述的是环境中的病毒群落―噬菌体。再次提到病毒宏基因组学这一概念,并对宏基因组学挖掘新病毒的方法进行了阐述,侧重于人和动物机体中的真核病毒群落。广州宏病毒学测序分析检测