深度测序技术对科学研究范式的影响:个性化医学、P4医学和准确医学等研究范式都是在近几年深度测序技术迅猛发展的基础上提出的。个人基因组测定的可行性,使得大众有可能测定和分析自己的基因组、寻找到个人健康相关的基因风险因素,从而可以在生活习惯、饮食等方面提早进行个性化预测和预防。由于互联网的发展和即时检验技术(point-of-care-testing,POCT)的应用,人们可以通过网络进行交流和参与到整个诊疗过程,这便是P4医学的概念:预测性(predictive)、预防性(preventive)、个性化(personalized)及参与性(participatory)。病毒全基因组测序具有的特点:不预设目标检出物,样本的所有病原信息一网打尽。武汉病毒高通量测序分析服务
目前对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用IonTorrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果通过测定获得了病毒全基因组11979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度较高(>98%)。病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异。国内病毒全序列检测病毒全基因组测序要注意什么事项?
探普生物对病毒的全基因组进行测序的实验基于二代测序技术。样本经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后转换成了序列数据。先,在核酸纯化环节,探普提供专门针对性的核酸纯化样本指南,以提高目的物种的核酸纯度和得率,与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二,文库构建环节,样本的核酸具备浓度低,总量少的特点。探普生物专门针对这一点开发了超微量核酸文库构建,可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三,生物信息学分析环节。生存环境和状态决定了对病毒的全基因组进行测序的下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点,优化了自有数据库,搭载了的生物信息学分析流程,可处理复杂背景下的目标物种序列。
在病毒全基因组测序中,生物信息学的工作主要包括以下几个方面:序列组装:将测序得到的短reads进行组装,得到较长的基因组序列。这一步需要结合多种方法和算法,如比对算法、短reads组装算法等。序列注释:对基因组序列进行注释,包括基因预测、基因功能注释、基因组结构注释等。系统发育分析:通过比较不同病毒基因组序列的相似性,确定不同病毒的进化关系。基因功能预测:通过比较基因组序列与已知的蛋白质序列,预测基因组编码的蛋白质的功能。变异检测:通过比对不同个体的基因组序列,检测其中的变异,包括单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失等。数据分析:对测序数据进行质控、过滤、拼接、比对、序列注释、系统发育分析、基因功能预测、变异检测等一系列分析,生成相应的数据报告。综上所述,生物信息学在病毒全基因组测序中扮演着非常重要的角色,探普生物通过对基因组序列进行分析和解读,能够帮助我们更好地了解病毒的遗传信息、进化历史、生物学特征等方面的信息。 病毒全基因组测序具有的特点:临床微生物出具报告,专业医学团队报告解读。
病毒(Virus)由一种核酸分子(DNA或RNA)与蛋白质(Protein)构成或由蛋白质构成(如朊病毒)。根据遗传物质的组成,可分为单链DNA病毒(ssDNA)、双链DNA病毒(dsDNA)、单链RNA病毒(ssRNA)、双链RNA病毒(dsRNA)和蛋白质病毒(如朊病毒)。根据宿主类型的不同,可以分为噬菌体(细菌病毒)、植物病毒(烟花叶病毒)和动物病毒(如禽流感病毒、天花病毒和HIV等)。病毒全基因组测序(VirusWholeGenomeSequencing,VWGS),是指基于第二代高通量测序技术,对病毒全基因组进行测序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列,解析编码信息,并获得相应的变异信息。病毒全基因组测序产品特点:样本的所有病原信息一网打尽。病毒二代测序进化分析价格
病毒全基因组进行测序在辅助流调溯源、快速确定传播关系起到了非常关键的作用。武汉病毒高通量测序分析服务
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