Co-IP（免疫共沉淀）和ChIP（染色质免疫沉淀）是两种常用于研究蛋白质与DNA或蛋白质与蛋白质相互作用的实验方法。实验原理方面的区别：Co-IP利用抗体与抗原之间的特异性结合，将目标蛋白及其与之相互作用的蛋白一起拉下来，进而研究它们之间的相互作用。而ChIP则是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并通过超声或酶处理将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过抗原抗体的特异性识别反应沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。免疫共沉淀实验步骤主要包括几个部分。北京免疫沉淀检测CoIP-mass spectrometry
Co-IP（免疫共沉淀）实验的内源检测是验证蛋白质相互作用的关键步骤。内源检测的目的是确认在细胞内自然状态下，目标蛋白与预测相互作用的蛋白是否真实存在相互作用。内源检测的成功与否直接关系到Co-IP实验结果的可靠性。如果内源检测结果阳性，说明目标蛋白与预测相互作用的蛋白在细胞内真实存在相互作用，这为后续的蛋白质功能研究和药物开发提供了重要的线索和依据。需要注意的是，内源检测可能受到多种因素的影响，如抗体特异性、细胞裂解条件、洗涤条件等。因此，在进行Co-IP实验时，需要严格控制实验条件，选择特异性强的抗体，并进行充分的洗涤步骤，以确保内源检测结果的准确性和可靠性。免疫共沉淀检测CoIP-MS入门Co-IP实验，需理解原理、选对抗体、处理样本、严控操作，安全细心，不断积累经验！
在CoIP（免疫共沉淀）实验中，对照组的设计对实验结果尤为重要，阳性对照组设计建议如下：1. 已知相互作用蛋白对照组：如果可能的话，使用已知与诱饵蛋白相互作用的蛋白作为阳性对照。这可以验证实验条件的可行性，以及抗体和实验方法的可靠性。2. 设置过量诱饵蛋白对照组：通过加入过量的诱饵蛋白，可以验证靶蛋白与诱饵蛋白之间的相互作用是否具有饱和性。如果加入过量诱饵蛋白后，靶蛋白的结合减少或消失，则表明相互作用具有饱和性。
IP-WB（免疫沉淀-Western Blot）是一种常用的实验方法，用于验证蛋白质之间的相互作用。在IP-WB实验中，首先使用特异性抗体将目标蛋白从细胞或组织裂解液中免疫沉淀下来。这一步骤确保了只有与目标蛋白特异性结合的蛋白质被富集。随后，将免疫沉淀得到的蛋白质复合物进行SDS-PAGE凝胶电泳，使蛋白质按照分子量大小分离。接着，通过Western Blot技术，利用特异性抗体检测目标蛋白或其相互作用伙伴的存在。Western Blot利用抗体与蛋白质的特异性结合，通过显色反应可视化目标蛋白，从而实现对蛋白质相互作用的验证。IP-WB技术结合了免疫沉淀的高特异性与Western Blot的高灵敏度，能够有效地验证蛋白质之间的相互作用，并为进一步的功能研究和药物开发提供有力支持。Co-IP技术可靠但需注意潜在限制，选特异性抗体、控制条件，多方法验证提升准确性！
CoIP-Mass和CoIP-WB优劣势：优势：高通量获得目的蛋白的专属蛋白互作库。劣势：CoIP的蛋白库鱼龙混杂，包含目的蛋白的直接/间接互作蛋白，非特异结合，残留蛋白。常规理想IP-Mass项目可鉴定到1000-2000个蛋白，其中绝大部分是非特异性结合及清洗残留的背景蛋白，导致CoIP-Mass假阳性高，CoIP-WB验证成功率低，导致研发进展反复跌宕，时间和经费成本占用较大，严重影响士气。其次，项目受限于蛋白表达量和IP抗体有效性，达到理想状态的CoIP-Mass较难，同时分析门槛较高。因此，该项目成功实施，比较依赖成熟和有分析经验的团队。建议整包交给专业的服务商开展检测。Co-IP（免疫共沉淀）和ChIP（染色质免疫沉淀）在应用方面的区别。重庆互作蛋白检测CoIP mass
IP-Mass技术结合免疫沉淀与质谱分析，研究蛋白互作与差异，助力生物医学研究！北京免疫沉淀检测CoIP-mass spectrometry
在CoIP（免疫共沉淀）实验中，对照组的设置对于验证实验结果的准确性和可靠性至关重要。对照组的主要目的是排除非特异性结合和背景干扰，从而更准确地评估目标蛋白与诱饵蛋白之间的相互作用。阴性对照组设计建议：1. 无抗体对照组：在免疫沉淀步骤中不加入特异性抗体，以检测是否存在非特异性结合。如果在此条件下仍然检测到目标蛋白，则可能是非特异性结合，需要在分析时予以排除。2. 无关抗体对照组：使用与诱饵蛋白和靶蛋白均无关的抗体进行免疫沉淀，以验证特异性抗体的作用。如果在此条件下未检测到目标蛋白，则可以增强对特异性抗体所检测到的相互作用的信心。北京免疫沉淀检测CoIP-mass spectrometry
