细胞培养后，需要对其生长情况、形态甚至生物学性状进行观察。由于细胞小而复杂，若不借助适当的手段，难以观察其形态、结构，更难发现细胞内各种组分的分子组成及功能。目前，已有多种研究细胞的技术，从光学显微镜到电子显微镜，从一般细胞化学法到免疫化学法。细胞染色是研究细胞生物学特征的一种常用手段，然而，对于细胞实验新手来说，想要获得一张漂亮的细胞染色图并不容易。染色试剂不会选、细胞染色不均匀、染色时切片脱落等都是很常见的问题。
细胞膜常用染料DiD、DiR、DiO和DiI染料是最常见的细胞膜染料（见表2），它们是一族亲脂性的荧光染料，用于细胞的形态学和结构研究。该系列染料进入细胞膜后，会在整个细胞膜上侧向扩散，在比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。其中DiD染料的染色效率高，染色均一，荧光不易猝灭，无明显细胞毒性，且受自身荧光背景干扰小。目前DiD已成功应用于多种细胞的体内示踪研究，如Treg细胞、间充质干细胞、肿瘤细胞、造血干祖细胞等。 异硫氰酸荧光素含有一个异硫氰酸酯反应基团这有助于其对通常存在于生物分子中的动漫和巯基基团具有反应性。新疆武汉荧光染料
为什么要使用荧光染料？虽然不同的染色技术（即考马斯染色、银染色、荧光染色）可用于可视化凝胶电泳分离的蛋白质，但使用荧光染料具有其独特的优势。他们提供：高灵敏度：对于大多数分析物，荧光测量的灵敏度比吸光度测量高1000倍，即使在使用小样本时也可以令人满意地达到ppt（万亿分之一）的检测限。宽线性动态范围。输出与样品浓度成正比。低干扰：由于吸收光的材料数量众多，分光光度测量通常会遇到干扰问题。在进行荧光测量时不会遇到这个问题，因为只有少数材料具有荧光能力。高通量：荧光测量具有简单而强大的协议，并且可以自动化用于高通量应用。南京荧光染料IR825Cy7 DiC18（DiR）是一个亲脂性、近红外荧光花青染料，这个染料常用于标记细胞质膜。
异硫氰酸荧光素(FITC)是一种有机荧光染料，目前，这种荧光染料仍用于免疫荧光和流式细胞术中。在495/517nm处，该染料会产生激发/发射峰值，并可借助异硫氰酸盐反应基团与不同抗体结合，该基团可以和蛋白质上的氨基、巯基、咪唑、酪氨酰、羰基等基团相结合。而它的基本成分——荧光素，其摩尔质量为332g/mol，常被用作荧光示踪剂。FITC(389g/mol)是用于荧光显微镜技术的首批染料，且其被当成AlexaFluor®488等后续荧光染料的发端。该染料的荧光活性取决于它的大共轭芳香电子系统，而该系统受蓝色光谱中的光所激发。经常与FITC同时使用的另一种染料是与其相似的TRITC[四甲基罗丹明-5(6)-异硫氰酸]。与FITC相反，TRITC并非荧光素，而是罗丹明家族的衍生物。罗丹明也具有一个大的共轭芳香电子系统，正是该系统引发了它们的荧光行为。还有一点与FITC相反，TRITC(479g/mol)由比较**长为550nm的绿色光谱中的光所激发，它的比较大发射波长为573nm。与蛋白质（例如，抗体）结合也基于异硫氰酸盐反应基团。
一、体外生物发光试验荧光素试剂的制备：D-荧光素，钾盐，无菌纯水，完全培养基（自行配置）1、用无菌水制备100X荧光素原液（15mg/ml），轻轻颠倒摇动至荧光素完全溶解。混匀后立即使用或分装后-20℃冻存。2、将D-luciferin，potassiumsalt溶解于预热好的组织培养基中制备成浓度为150μg/ml的工作液。用组织培养基1∶100稀释储存液，配置工作液(终浓度150μg/mL)3、去除培养细胞的培养基图像分析前，向细胞培养板中添加1×荧光素工作液，然后进行图像分析-注射器滤膜过滤除菌，0.2μm注：成像前在37℃下对细胞进行短时间孵育可增强信号。Super Flour 系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH 4～10）, 更好的抗淬灭性。
过标记——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团大于10mol。虽然过标记的蛋白也可以使用，但可能会引起蛋白的聚集、降低抗体结合抗原的特异性，这些都会造成非特异性结合。过标记还会引起荧光淬灭。可以增加蛋白或减少反应时间。3．未结合染料难以去除——尽管大部分时候用分离柱可以较好的纯化蛋白偶联物，但仍可能会有痕量的游离染料留在偶联物溶液中，会使标记计算的值偏高。可用分离柱再次分离或透析去除。4．蛋白或蛋白偶联物无法洗脱——不要再加缓冲液，只需再次离心一次或几次。Super Fluor 488（效果同Alexa Fluor 488）标记蛋白。新疆武汉荧光染料
D-荧光素钾盐小动物成像。新疆武汉荧光染料
一：染色液制备1、配制储液：储液用无水DMSO或无水EtOH配制，浓度1~5mM。注：未使用的储液建议分装后储存在-20℃，避免反复冻融。2、工作液制备：用合适的缓冲液（如：无血清培养基，HBSS或PBS）稀释储液，配制浓度为1~5μM的工作液。注：工作液**终浓度建议根据不同细胞系和实验体系来优化。建议从推荐浓度的10倍范围内开始比较好浓度的摸索。二：悬浮细胞染色1、加入适当体积的染色工作液重悬细胞，使其密度为1×106/mL。2、37℃孵育细胞2~20min，不同的细胞比较好培养时间不同。可以20min作为起始孵育时间，之后优化体系以得到均一的标记效果。3、孵育结束，1000~1500rpm离心5min。倾倒上清液，再次缓慢加入37℃预热的生长培养液重悬细胞。4、重复步骤3两次以上。新疆武汉荧光染料
