二代测序技术在不同人群中的准确性有何差异③
孕妇及胎儿
优势:无创产前筛查(NIPT)是二代测序技术用于孕期胎儿常见染色体非整倍体筛查的应用,对于唐氏综合征、18-三体综合征、13-三体综合征等染色体异常疾病的检测准确率分别能达到95%、85%、75%以上,明显高于传统血清学筛查。
局限性:孕妇外周血中胎儿游离DNA来源于胎盘滋养细胞,可能与胎儿实际情况不一致,导致假阳性。母亲若合并免疫疾病、凝血功能障碍等,会使外周血中游离DNA含量过高,掩盖胎儿来源的游离DNA,造成假阴性510. 二代测序可以检测基因吗?湖北二代测序提供
二代测序不同应用场景下的速度有多快?
病原微生物检测:一般来说,二代测序用于检测病原微生物时,能够在几个小时到一天左右出结果。比如在快速检测血液中的病原微生物时,通常可以在几个小时内获得检测结果,相比传统的血液培养方法,时间大幅缩短,传统血液培养一般需要几天到一周的时间 。
全基因组测序:如果是对人类全基因组进行测序,以目前的技术水平,使用二代测序技术完成一个人的全基因组测序,一般需要 1-2 天左右的时间。而在十几年前,人类全基因组测序计划***完成时,耗费了大量的时间和精力,相比之下二代测序技术的速度提升***。
转录组测序:转录组测序的时间相对较短,一般几个小时内可以完成对大量 RNA 分子的测序和初步数据分析,进而快速了解基因在特定条件下的表达情况8. 山西哪里有二代测序运用二代测序的使用场景都有哪些?
二代测序—全外显子测序的原理是什么?
全外显子测序主要是利用序列捕获技术,将基因组 DNA 中的外显子区域富集起来,然后通过高通量测序技术(如第二代测序技术 Illumina 测序平台)对富集后的外显子 DN**段进行测序。其大致步骤包括 DNA 提取、片段化、文库构建、外显子捕获、测序和数据分析等。例如,在文库构建过程中,将提取的基因组 DN**段化后,在片段两端连接上特定的接头序列,这些接头序列可以用于后续的扩增和测序反应。然后通过与外显子区域互补的寡核苷酸探针,将外显子片段从全基因组 DNA 文库中 “捕获” 出来,经过清洗去除未结合的 DN**段后,对捕获的外显子文库进行大规模的平行测序。
二代测序——数据分析类问题
二代测序数据分析的主要内容和挑战是什么:主要内容包括数据的质量控制、序列比对、变异检测、基因表达定量、功能注释等。挑战在于数据量巨大,需要高效的计算资源和复杂的生物信息学算法来处理;数据质量参差不齐,需要严格的质量控制和过滤;变异解读复杂,需要结合生物学知识和数据库进行准确的评估。如何从海量的二代测序数据中筛选出有意义的信息:通过设定合理的质量控制标准过滤低质量数据,然后根据研究目的进行针对性的分析,如在疾病研究中,重点关注与疾病相关的基因区域的变异和表达变化;利用已知的生物学数据库和功能注释信息对检测到的变异和基因进行注释和筛选,优先关注那些对蛋白质功能、基因调控等有***影响的变异和差异表达基因。 二代测序广泛应用于个性化医学。
什么样本可以做二代测序?③
细胞样本
培养细胞:包括各种原代培养细胞和细胞系。在基础医学研究中,对培养的细胞进行测序可以了解细胞的基因特征和功能变化。例如,在研究细胞信号转导通路时,对经过特定刺激处理的培养细胞进行转录组测序,以分析基因表达的上调或下调情况。
脱落细胞:如痰液中的脱落细胞、尿液中的脱落细胞等。这些细胞可以用于某些疾病的筛查。例如,在肺*筛查中,对痰液中的脱落细胞进行基因检测,通过二代测序寻找肺*相关的基因突变,作为一种非侵入性的检测方法。 二代测序的原理是什么?浙江二代测序提供
一代和二代测序的区别?湖北二代测序提供
二代测序的建库步骤⑥
六、文库质量检测
定量检测:使用荧光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)来确定文库的浓度。Qubit是一种基于荧光染料与核酸特异性结合的定量方法,它可以准确地测量DNA或RNA的浓度,并且对不同大小的核酸片段有较好的定量准确性。通过定量检测,可以了解文库的产量,为后续的测序上样量提供参考。
片段大小检测:利用琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪(如Agilent2100Bioanalyzer)来检测文库片段大小。琼脂糖凝胶电泳是一种传统的方法,通过将文库样品在琼脂糖凝胶中进行电泳,根据DNA片段在电场中的迁移速度来判断片段大小。生物分析仪则可以提供更精确的片段大小分布和浓度信息,它是基于微流体芯片技术,能够快速、准确地分析文库质量。 湖北二代测序提供