二代测序—全外显子测序的优势针对性强:它主要聚焦于基因组中编码蛋白质的区域,这部分区域虽然只占整个基因组的1-2%左右,但包含了大部分与疾病相关的突变。例如,在研究孟德尔遗传病时,很多致病突变都位于外显子区域,通过全外显子测序可以更高效地找到这些突变。成本效益高:相比于全基因组测序,全外显子测序的成本相对较低。因为它不需要对整个基因组(包括大量的非编码区域)进行测序,在一定程度上减少了数据量和测序成本,同时又能获取大部分有重要功能意义的遗传信息。单细胞测序也是二代测序。云南哪里有二代测序
二代测序—全外显子测序的应用领域医学领域:1、疾病诊断:用于诊断各种遗传性疾病,包括单基因遗传病(如囊性纤维化、杜氏肌营养不良等)和复杂疾病(如**、心血管疾病等)。在**研究中,通过对**组织和正常组织进行全外显子测序,可以发现肿瘤细胞中的体细胞突变,这些突变可能是导致**发生、发展的关键因素,有助于医生制定个性化的治疗方案。2、药物研发:帮助研究人员了解药物靶点的基因变异情况。例如,如果发现某些患者的药物靶点基因外显子区域存在突变,可能会影响药物的疗效,从而可以针对性地开发新的药物或者调整药物的使用剂量和方式。遗传学研究:用于研究人类群体的遗传多样性,通过对不同人群的外显子测序,可以发现不同人群之间的基因差异,这些差异可能与人群的适应性、易感性等有关。还可以用于追踪基因的进化历程,了解基因在进化过程中的变化情况。甘肃嘉安健达二代测序检测二代测序包括全基因组测序和全外显子测序。
转录组测序的主要测序对象包括以下几类(上):
信使RNA(mRNA)
mRNA是编码蛋白质的转录本,在转录组测序中,可通过对mRNA的测序和分析,了解基因的表达水平、可变剪接情况以及基因结构变异等,从而揭示基因在特定细胞或组织中的功能和调控机制。
非编码RNA
核糖体RNA(rRNA):虽然rRNA在细胞中的含量丰富,但在转录组测序中,通常会在前期实验中通过特定的方法将其去除,以减少其对其他RNA测序的干扰。不过在某些特殊研究中,如对rRNA的转录调控机制或其与其他分子的相互作用研究时,也可能会专门针对rRNA进行测序。
转运RNA(tRNA):tRNA在蛋白质合成过程中起着重要的转运氨基酸的作用。转录组测序可以对tRNA的转录水平、修饰情况以及与其他RNA或蛋白质的相互作用进行研究,以深入了解其在基因表达调控中的功能。
微小 RNA(miRNA):miRNA 是一类长度较短的非编码 RNA,通常通过与 mRNA 的互补配对结合,抑制 mRNA 的翻译或促使其降解,从而调控基因表达。转录组测序可以发现新的 miRNA,研究其在不同生理和病理状态下的表达变化以及作用靶点等。
常见的二代测序平台有哪些?
一、Illumina系列
NovaSeq系列:通量高,可产出大量测序数据,适用于大规模基因组测序、转录组测序等项目,能满足科研和临床对高通量数据的需求,如NovaSeq6000,其S2试剂可实现PE50/PE100/PE150测序,产出1.2T/flowcell.
HiSeq系列:包括HiSeqXten、HiSeq等型号,不同型号在通量、读长和应用场景上有所差异,如HiSeqXten的PE150测序可达到120G/lane,常用于人类基因组重测序等项目.
MiSeqDesktopSystem:是桌面型测序系统,通量相对较低,但操作简便、快速,适合小型实验室或特定的小规模测序项目,如针对特定基因的测序研究. 二代测序广泛应用于基因组学研究。
二代测序——比较基因组分析(针对多个微生物基因组):
共线性分析:比较不同微生物基因组之间基因的排列顺序和位置关系。例如,在亲缘关系较近的细菌菌株之间,大部分基因的排列顺序可能是相似的,但可能会有一些基因的插入、缺失或者易位等现象。通过分析共线性,可以了解微生物在进化过程中的基因组结构变化。
基因家族分析:确定不同微生物基因组中存在的基因家族。基因家族是由一组具有相似序列和功能的基因组成。例如,在微生物的耐药基因家族中,不同成员可能具有不同程度的耐药性相关功能。通过分析基因家族的扩张和收缩情况,可以了解微生物对环境压力(如***使用)的适应策略。
单核苷酸多态性(SNP)分析:在重测序项目中,SNP分析是很重要的一部分。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。通过分析SNP,可以了解微生物在不同环境或者不同宿主中的遗传变异情况。例如,在研究传染病病原体的传播过程中,SNP分析可以追踪病原体在不同患者之间的传播路径。 二代测序技术不断发展,其不断提高的速度、准确性和成本效益为各个领域开辟了新的可能性。云南哪里有二代测序
二代测序可以检测基因吗?云南哪里有二代测序
常见的二代测序平台有哪些?
二、IonTorrent系列
包括Proton/PGM等型号,其技术基于半导体芯片,可检测DNA聚合反应中释放的氢离子,从而实现对DNA序列的测定,通量适中,测序速度快,适用于快速检测和一些临床诊断应用,如病原体检测等.
华大智造系列DNBSEQ-T7/T20:通量高,能够快速完成大量样本的测序工作,适用于大规模的基因组学研究和临床检测项目,如群体基因组测序、**基因突变检测等.MGISEQ-2000:性能稳定,可提供准确可靠的测序数据,在转录组测序、全基因组甲基化测序等多种应用场景中都有良好表现.
赛纳生物S100利用流式荧光发生测序化学技术和ecc纠错编码测序技术,将测序精度提升至Q40,可检出0.1%低频突变,在bitseq简并测序模式下,**快6.5小时完成基因测序,适用于未知病原微生物等亟需快速检测的场景. 云南哪里有二代测序