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转录组测序基本参数
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转录组测序企业商机

总RNA样本检测合格后,对于真核生物,用带有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA,对于原核生物,用试剂盒去除rRNA,向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片断成为短片段,再以片断后的mRNA为模板,用六碱基随机引物合成cDNA一链,并加入缓冲液、dNTPs、RNaseH和DNA Polymerase I合成cDNA第二链,经过QIAQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱。洗脱纯化后的双链cDNA再进行末端修复、加碱基A、加测序接头处理,然后经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段并进行PCR扩增,从而完成整个文库制备工作如果您想找一家专业转录组测序分析就找上海融享生物。重庆转录组测序实验

如果研究的物种有相关GO注释数据库,直接该数据库进行GO的分析;如果没有,可以利用注释工具,得到每个基因对应的GO条目。

EGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是基因组破译方面的数据库。在给出染色体中一套完整基因的情况下,它可以对蛋白质交互(互动)网络在各种各样的细胞活动过程起的作用做出预测。KEGG的PATHWAY数据库整合当前在分子互动网络(比如通路、联合体)的知识,GENES/SSDB/KO数据库提供关于在基因组计划中发现的基因和蛋白质的相关知识,COMPOUND/GLYCAN/REACTION数据库提供生化复合物及反应方面的知识。 重庆miRNA转录组测序电话全转录组测序融享生物的优势:能准确识别转录本同源异构体、可变剪切、可变polyA、融合基因等位基因等。

1、RNA样本制备

将样本按Trizol抽提说明书进行总RNA提取,利用琼脂糖凝胶电泳检测提取效果,并进行质检(OD260/280≥1.9)

2、测序文库构建

我们采用标准提取方法从组织或细胞中提取RNA,随后对RNA样品进行严格质控,质控标准主要包括以下几个方面:


(1)1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质;


(2)Qubit2.0 Fluorometer:RNA浓度精确定量;


(3)Qsep核酸检测仪(BiOptic Inc.)检测RNA样品的完整性和浓度。


转录组测序进行RNA的研究具有十分多的优点,包括可以检测表达量变化、也可对可变剪接和SNP进行研究、背景噪音小,无信号过饱和问题、数read的数目,所以精确度比基因芯片要高,且可重复性好、无克隆步骤,所以对样品量的要求更低等。获得了测序的原始数据后,我们如何进行数据分析


而由于转录组情况的复杂,选择合适的文库类型也显得极为重要。文库的选择一般考虑两个问题:

02、是否构建链特异性文库?

由于RNA为单链,但普通的转录组文库会同时测到模板链及其反向互补信息,不但无法判断原始的mRNA的方向,同时也会对转录本的定量的准确性产生干扰。而链特异性文库则可以在建库过程中将反向互补序列的文库直接消化掉,不仅保留了原始的mRNA的方向,同时也提高了定量的准确性。

微分基因所有的转录组产品(包括真核有参转录组、真核无参转录组、原核转录组)均已升级为链特异性文库。 转录组测序性价比高周期短。

我们的转录组测序信息分析流程主要分为三部分:测序数据质控(QC)、数据比对分析(mapping)和转录组深层分析。其中,测序数据质控包括过滤测序所得序列、评估测序数据质量以及计算序列长度分布等;数据比对分析主要是针对比对到基因组中的序列,根据不同的基因组注释信息依次进行分类和特征分析,并计算相应的表达量;转录组深层分析包括差异表达分析、可变剪接分析、新转录本预测和变异分析等其他个性化分析。

测序得到的某些原始下机序列,会含有测序接头序列以及低质量序列,为了保证信息分析数据的质量,我们对原始序列进行过滤,得到高质量的Clean Reads,再进行后续分析,后续分析都基于Clean Reads。所用的软件为trimmomatic和FastQC。 转录测序技术服务靠谱公司上海融享生物科技有限公司多年技术服务经验更放心。贵州泛转录组测序

融享生物是转录组测序/mRNA测序技术服务商之一,从事转录组测序/mRNA测序已经多年。重庆转录组测序实验

转录组广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的**,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狭义上指所有mRNA的**。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和ncRNA转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。

真核有参转录组测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。

从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果 重庆转录组测序实验

上海融享生物科技有限公司专注技术创新和产品研发,发展规模团队不断壮大。目前我公司在职员工以90后为主,是一个有活力有能力有创新精神的团队。上海融享生物科技有限公司主营业务涵盖转录组,16S ITS,靶向甲基化, LncRNA转录测序,坚持“质量保证、良好服务、顾客满意”的质量方针,赢得广大客户的支持和信赖。公司力求给客户提供全数良好服务,我们相信诚实正直、开拓进取地为公司发展做正确的事情,将为公司和个人带来共同的利益和进步。经过几年的发展,已成为转录组,16S ITS,靶向甲基化, LncRNA转录测序行业出名企业。

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