问：差异基因筛选条件比较大能设的阈值是多少？很多客户希望通过调整差异基因筛选阈值来找相关基因是否有必要？
答：差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断是否为差异基因：
首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差异分析的第一步就是要消除测序深度的影响，对原始数据进行标准化处理（我们在有重复项目中，使用DESeq标准化方法；无重复项目中，使用TMM标准化方法）
其次：在差异分析过程中，需要对readcount的分布进行估计，经验表明，readcount服从负二项分布。在有重复的项目中，重复的好坏也会对差异基因与否产生影响。如果重复较差，组内差异情况会屏蔽掉部分组间的差异。在估计完参数后，需要用特定检验方法来判断差异基因与否
再次：在计算完pvalue以后，需要对pvalue进行多重假设检验校正，来减少假阳性。这个过程会使得padj会大于原来的pvalue，使得部分通过pvalue阀值的基因，无法通过padj的阀值。
高通量测序平台包括Illumina HiSeq X Ten，HiSeq，MiSeq，PacBio Seque等。LncRNA转录组测序公司电话
真核转录组测序主要针对转录产物mRNA进行高通量测序，可快速获得某一物种特定组织或者其他的在某一状态下的基因表达量及结构变异等，可用于差异表达分析、挖掘功能基因、RNA编辑分析等。目前已广泛应用于生物学研究、农业、医学等多个领域，揭示生物生长发育调控机制、不同环境适应机制、作物优良形成机理、疾病发***展的分子机理等。
对于真核生物来说基因组比较大，测一个全基因组比较难，但是测转录组还是比较容易实现的。
转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究较多的，也是生物体很重要的调控方式。
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在参考基因组选择合适并且组装完整，样品无外源物种污染的情况下，比对率通常都会在70%以上。由于基因组中会存在重复区域，在比对中，会出现一条序列比对到基因组多个位置的情况（MultiMap Reads）。同时，因不同物种基因组中的重复区域比例不同，这种比对到多个位置序列的比例会随着物种的变化而有差异。
根据比对结果，分别统计reads在基因组外显子区域，内含子区域以及基因间区所占的比例。一般模式物种的基因注释较为完善（如人和小鼠），其比对到外显子区域的比例比较高。比对到内含子区域的reads可能来源于前体mRNA或可变剪接事件滞留的内含子。比对到基因间区的reads，可能来源于ncRNA或少许DNA片段污染，也可能是基因注释还不够完善。
可以提供测序读长为75*2 bp， 每次运行数据量达50-60GB。对于4-5Mb的基因组，可确保每个基因组测序量达到400Mb（100倍覆盖），足以满足全基因组denovo测序和SNP鉴定的需要。Solexa高通量测序平台均可对转录组进行测序，由于两种平台各有其优缺点，针对不同的样品情况，需灵活选用。Illumina测序技术的优点是单次测序获得的数据量大，能够得到更高的覆盖率，检测到更多低丰度的转录本，在已知基因组序列物种的转录组分析中更具优势。
Roche 454测序技术的优点是单序列读长可以达到500bp，在未知基因组序列物种的转录组分析中更有优势，其较长的读长便于拼接，能获得更好的转录本数据。 如果您想找一家专业转录组测序分析就找上海融享生物。
转录组测序的根本目的在于回答特定的生物学问题，因此一个良好的实验方案的设计是其根本。其中，生物学重复的数量、文库类型及测序深度等因素直接关系到结果的好坏。在这里要尤其强调至少三个以上的生物学重复的重要性。三个以上的生物学重复是进行任何可信的下游数据的统计分析的基础，过少的生物学重复或者没有重复将使分析结果的可信度很大成度降低。
而由于转录组情况的复杂，选择合适的文库类型也显得极为重要。文库的选择一般考虑两个问题： 如果要做转录组测序服务找融享生物。重庆真核有参转录组测序机构
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一般来说，任何一种DNA测序技术都可用于RNA测序。转录组测序根据发展的阶段可分为：(1)早期的基于Sanger测序法的基因表达序列分析;(2)基于新一代高通测序技术的RNA-Seq。Sanger等于20世纪70年代发明的双脱氧测序法在过去的30多年中一直在DNA测序领域占据着主要地位。人类基因组计划的测序就是通过双脱氧测序法完成的,Sanger法测序是利用DNA聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA序列的方法。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核昔酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核甘三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-0H基团，当ddNTP竞争性的与模板结合后，引物延伸将停止于ddNTP处，使反应得到一组有共同的起始点，但长度不同的链终止产物，通过电泳可将相差只有一个碱基的扩增产物分开，从而达到测序的目的。基于高效毛细管电泳的双脱氧测序法每天快可测1Mb,但相对于庞大的基因组数据，如人类基因组约有30亿碱基，则要耗费巨大的人力物力，因此,HGP耗时13年,耗资约30亿美元。但HGP的实施积累了宝贵的经验，促进了与测序相关技术的发展。LncRNA转录组测序公司电话
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