问：能否用FPKM进行差异分析？
答：在做差异分析时，我们是采用readcount数据，通过DESeq或者TMM标准化后，进行差异分析。FPKM实际上也是对readcount进行标准化处理的一种方法，各种标准化方法优劣势比较见下图(Dillies, M. A. et al, 2013)，可以看出，在进行差异分析时，DESeq和TMM的标准化效果比较好，FPKM的标准化效果较差，所以，不推荐使用FPKM进行差异分析。
问：为什么要用校正后的p值，能直接用p_value吗？
答：校正后的p值（padj/qvalue），是对p值进行了多重假设检验，能更好地控制假阳性率 全转录组测序融享生物的优势：能准确识别转录本同源异构体、可变剪切、可变polyA、融合基因等位基因等。广东泛转录组测序机构电话
真核转录组测序（mRNA）：真核mRNA测序是基于高通量平台，对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序，既可研究已知基因，亦能发掘新基因，快速地获得mRNA序列和丰度信息。真核mRNA测序方法可以分为：有参考转录组、无参考转录组以、数字基因表达谱（DGE）三大类。
长链非编码RNA测序（lncRNA）：通过高通量测序技术结合生物信息学方法在整体水平上揭示样品中lncRNA及mRNA的信息。在鉴定已知lncRNA的同时，可很大范围的挖掘与疾病相关的新型lncRNA，并对其在早期发***展的调节作用进行结构特征和功能分析。并与特定生物学现象联系起来，可研究正常细胞或组织与病理样品中非编码RNA的差别和调控作用，揭示与之相关的遗传特性或疾病机理。 湖南转录组测序公司电话全基因组测序找上海融享生物科技有限公司。
问：Read-1,Read-2的具体含义是什么？答：双端测序会在cDNA片段的两端先后读取一定长度的碱基（如pe150，就是分别测150bp）得到一对reads，其中一条称为Read-1，另一条称为Read-2。大量文献和实际项目都表明，转录组分析中使用双端reads对于序列拼接和定量都大有裨益。
基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量，是受到时空等多种因素调控的，个体在不同的生长发育阶段，或者不同的组织水平,或者响应不同的实验处理，基因转录出mRNA的量都是不一样的。我们通过featurecounts(Liao Y, Smyth GK and Shi W., 2014)软件统计基因的表达量。
通过比较处理组和参考组，对差异表达基因进行聚类分析，可以很直观反映出不同实验条件下样本差异表达基因的变化情况。我们利用R软件，对差异表达基因和不同样本/实验条件同时进行分层聚类分析。
Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（Controlled Vocabulary）来描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总共有三个Ontology，分别描述基因的分子功能（Molecular Function）、细胞组分（Cellular Component）、生物过程（Biological Process）。 真核转录组测序找融享生物。
因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量，是受到时空等多种因素调控的，个体在不同的生长发育阶段，或者不同的组织水平,或者响应不同的实验处理，基因转录出mRNA的量都是不一样的。我们通过featurecounts(Liao Y, Smyth GK and Shi W., 2014)软件统计基因的表达量。FPKM(Wagner, et al., 2012)是利用RNA-Seq技术用来定量估计基因表达值的一个非常有效的工具FPKM是Reads per Kilobase Millon Mapped Reads的缩写，由Mortazavi于2008年提出上海融享生物转录测序短周期，高通量，全分析。重庆全长转录组测序机构哪家好
原核转录组测序找融享生物 结构预测分析 SD位点分析、表达差异分析、功能富集等。广东泛转录组测序机构电话
问：有参分析都需要什么文件？答：相应的参考基因组及基因结构注释文件（gtf/gff/gff3/bed等格式，推荐gtf，gff）、基因的GO注释文件的直接下载链接以及基因功能描述文件。
造成mapping rate较低的原因可能有哪些？答：当mapping rate较低时主要可能有2个原因：（1）由于reference组装不好，或者所测物种与reference的亲缘关系较远；（2）由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大，导致mapping rate相对较低的。 广东泛转录组测序机构电话
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