将各样品过滤后的测序序列与参考基因组进行比对(mapping),使其定位到基因组。 本项目分析中,我们使用HISAT2软件进行mapping。参考基因组为Rattus_norvegicus。所用的软件为HISAT2。HISAT采用全局和局部搜索的方法能够有效的比对到RNA Seq测序数据中的spliced reads,是目前比对率比较高 且比较准确的比对软件。在分析过程中,采用软件默认参数
HISAT2的算法主要分为三个部分:
将测序序列整段比对到基因组单外显子
将测序序列分段比对到基因组的两个外显子上
将测序序列分段比对到基因组三个以上(含三个)外显子
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真核转录组测序(mRNA):真核mRNA测序是基于高通量平台,对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,既可研究已知基因,亦能发掘新基因,快速地获得mRNA序列和丰度信息。真核mRNA测序方法可以分为:有参考转录组、无参考转录组以、数字基因表达谱(DGE)三大类。
长链非编码RNA测序(lncRNA):通过高通量测序技术结合生物信息学方法在整体水平上揭示样品中lncRNA及mRNA的信息。在鉴定已知lncRNA的同时,可很大范围的挖掘与疾病相关的新型lncRNA,并对其在早期发生,发展的调节作用进行结构特征和功能分析。并与特定生物学现象联系起来,可研究正常细胞或组织与病理样品中非编码RNA的差别和调控作用,揭示与之相关的遗传特性或疾病机理。 四川比较转录组测序公司哪里有上海融享专注转录组测序。
测序得到的某些原始下机序列,会含有测序接头序列以及低质量序列,为了保证信息分析数据的质量,我们对原始序列进行过滤,得到高质量的Clean Reads,再进行后续分析,后续分析都基于Clean Reads。所用的软件为trimmomatic和FastQC。
数据处理步骤如下:
(1)去除接头污染的Reads(Reads中接头污染的碱基数大于5bp。对于双端测序,若一端受到接头污染,则去掉两端的Reads);
(2)去除低质量的Reads(Reads中质量值Q≤19的碱基占总碱基的15%以上,对于双端测序,若一端为低质量Reads,则会去掉两端Reads);
(3)去除含N比例大于5%的Reads(对于双端测序,若一端含N比例大于5%,则会去掉两端Reads)。
1、RNA样本制备
将样本按Trizol抽提说明书进行总RNA提取,利用琼脂糖凝胶电泳检测提取效果,并进行质检(OD260/280≥1.9)
2、测序文库构建
我们采用标准提取方法从组织或细胞中提取RNA,随后对RNA样品进行严格质控,质控标准主要包括以下几个方面:
(1)1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质;
(2)Qubit2.0 Fluorometer:RNA浓度精确定量;
(3)Qsep核酸检测仪(BiOptic Inc.)检测RNA样品的完整性和浓度。
转录组测序进行RNA的研究具有十分多的优点,包括可以检测表达量变化、也可对可变剪接和SNP进行研究、背景噪音小,无信号过饱和问题、数read的数目,所以精确度比基因芯片要高,且可重复性好、无克隆步骤,所以对样品量的要求更低等。获得了测序的原始数据后,我们如何进行数据分析
高通量测序平台包括Illumina HiSeq X Ten,HiSeq,MiSeq,PacBio Seque等。
通过比较处理组和参考组,对差异表达基因进行聚类分析,可以很直观反映出不同实验条件下样本差异表达基因的变化情况。我们利用R软件,对差异表达基因和不同样本/实验条件同时进行分层聚类分析。
Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(Controlled Vocabulary)来描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总共有三个Ontology,分别描述基因的分子功能(Molecular Function)、细胞组分(Cellular Component)、生物过程(Biological Process)。 如果要做转录组测序服务找融享生物。广东宏转录组测序公司哪里有
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问:Read-1,Read-2的具体含义是什么?答:双端测序会在cDNA片段的两端先后读取一定长度的碱基(如pe150,就是分别测150bp)得到一对reads,其中一条称为Read-1,另一条称为Read-2。大量文献和实际项目都表明,转录组分析中使用双端reads对于序列拼接和定量都大有裨益。
基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量,是受到时空等多种因素调控的,个体在不同的生长发育阶段,或者不同的组织水平,或者响应不同的实验处理,基因转录出mRNA的量都是不一样的。我们通过featurecounts(Liao Y, Smyth GK and Shi W., 2014)软件统计基因的表达量。 四川比较转录组测序公司哪里有
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