而由于转录组情况的复杂，选择合适的文库类型也显得极为重要。文库的选择一般考虑两个问题：
02、是否构建链特异性文库？
由于RNA为单链，但普通的转录组文库会同时测到模板链及其反向互补信息，不但无法判断原始的mRNA的方向，同时也会对转录本的定量的准确性产生干扰。而链特异性文库则可以在建库过程中将反向互补序列的文库直接消化掉，不仅保留了原始的mRNA的方向，同时也提高了定量的准确性。
微分基因所有的转录组产品（包括真核有参转录组、真核无参转录组、原核转录组）均已升级为链特异性文库。 转录组哪里好就找融享生物。四川宏转录组测序服务
这些实验设计因素的控制后通过测序就得到了测序数据。我们还需要对原始数据(RAW data) 进行质控，包括对低质量的测序数据的去除，接头序列的去除，rRNA 序列的去除等。经过质控过滤后得到的数据(clean data) 才能进行后续的分析。同时，也可以通过碱基分布、Q20 、Q30 、rRNA 比例等指标初步判断测序质量好坏。至此，我们得到的clean data 就可以进行真正的转录组学分析，解决我们的实际的生物学问题了。那么需要经过哪些分析流程呢？又可以拿到哪些分析结果呢，更多信息可以联系上海融享生物科技有限公司云南miRNA转录组测序融享生物转录组测序优势 报告精细解读、极速周期、实验辅助设计，模块报价。
转录组测序的根本目的在于回答特定的生物学问题，因此一个良好的实验方案的设计是其根本。其中，生物学重复的数量、文库类型及测序深度等因素直接关系到结果的好坏。在这里要尤其强调至少三个以上的生物学重复的重要性。三个以上的生物学重复是进行任何可信的下游数据的统计分析的基础，过少的生物学重复或者没有重复将使分析结果的可信度很大成度降低。
而由于转录组情况的复杂，选择合适的文库类型也显得极为重要。文库的选择一般考虑两个问题：
FASTQ 格式（FASTQ_format）是一种文本格式，常用于存储生物学序列及其对应的质量分值。FASTQ 格式文件可以采用文本编辑软件（如写字板、UltraEdit 、EditPlus等工具）打开，由于文件较大，对电脑的内存要求较高。FASTQ 格式中，每个 Read 由四行信息表示。
一行为序列名称，以 @ 开头，其后是序列描述；第二行为碱基序列；第三行为 “+” 号，不**任何意义；第四行碱基质量，与第二行的碱基序列一一对应示例如下：
ACGCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGTGTCAGTTAC
+
ABABADBBDFFFGGGFGGGFGGHGBGHGGHGGGGGGHGGGGGGGHHGGFBGEGGEG
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转录组测序技术（RNA-seq）经历测序技术的发展，目前几乎已经成为了各种生物学研究的基础，无论是疾病机制研究、生理调控等均有广泛应用。
环状RNA测序（circRNA）：由于环状RNA的闭合环状特性，通过去除totalRNA中的rRNA和线性RNA分子，可以特异地富集环状RNA分子后测序，更有针对性地分析受检样本中特定的环状RNA谱、环状RNA剪接模式、组间差异和分子功能等。CircRNA功能众多，可作为miRNA的海绵，竞争性结合miRNA，发挥ceRNA的调控功能，调控基因表达。近年来还发现与疾病的发生和发展密切相关，在疾病诊断标记物等方向具有很大的应用前景。 上海融享生物转录测序短周期，高通量，全分析。湖北LncRNA转录组测序服务
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问：有参分析都需要什么文件？答：相应的参考基因组及基因结构注释文件（gtf/gff/gff3/bed等格式，推荐gtf，gff）、基因的GO注释文件的直接下载链接以及基因功能描述文件。
造成mapping rate较低的原因可能有哪些？答：当mapping rate较低时主要可能有2个原因：（1）由于reference组装不好，或者所测物种与reference的亲缘关系较远；（2）由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大，导致mapping rate相对较低的。 四川宏转录组测序服务
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