问：有参分析都需要什么文件？答：相应的参考基因组及基因结构注释文件（gtf/gff/gff3/bed等格式，推荐gtf，gff）、基因的GO注释文件的直接下载链接以及基因功能描述文件。
造成mapping rate较低的原因可能有哪些？答：当mapping rate较低时主要可能有2个原因：（1）由于reference组装不好，或者所测物种与reference的亲缘关系较远；（2）由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大，导致mapping rate相对较低的。 转录组找上海融享生物科技有限公司。广东全长转录组测序公司哪里有
相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。普通转录组测序主要适用于两大类：一是不同的生长阶段或者发育过程；二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。转录组测序所需数据量与所研究物种的基因组大小有关，基因组越大，则所需数据量越大。按照我们的经验来说：常规物种一般建议6G数据即可；基因组较大的物种推荐8G以上数据，比如：小麦建议10G数据起，甘蔗、甘薯建议至少8G数据。陕西泛转录组测序公司融享生物转录组测序优势 报告精细解读、极速周期、实验辅助设计，模块报价。
1、RNA样本制备
将样本按Trizol抽提说明书进行总RNA提取，利用琼脂糖凝胶电泳检测提取效果，并进行质检（OD260/280≥1.9）
2、测序文库构建
我们采用标准提取方法从组织或细胞中提取RNA，随后对RNA样品进行严格质控，质控标准主要包括以下几个方面：
（1）1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质；
（2）Qubit2.0 Fluorometer：RNA浓度精确定量；
（3）Qsep核酸检测仪（BiOptic Inc.）检测RNA样品的完整性和浓度。
转录组测序进行RNA的研究具有十分多的优点，包括可以检测表达量变化、也可对可变剪接和SNP进行研究、背景噪音小，无信号过饱和问题、数read的数目，所以精确度比基因芯片要高，且可重复性好、无克隆步骤，所以对样品量的要求更低等。获得了测序的原始数据后，我们如何进行数据分析
真核转录组测序主要针对转录产物mRNA进行高通量测序，可快速获得某一物种特定组织或者其他的在某一状态下的基因表达量及结构变异等，可用于差异表达分析、挖掘功能基因、RNA编辑分析等。目前已广泛应用于生物学研究、农业、医学等多个领域，揭示生物生长发育调控机制、不同环境适应机制、作物优良形成机理、疾病发生，发展的分子机理等。
对于真核生物来说基因组比较大，测一个全基因组比较难，但是测转录组还是比较容易实现的。
转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究较多的，也是生物体很重要的调控方式。
转录组测序，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更多的检测范围。
在参考基因组选择合适并且组装完整，样品无外源物种污染的情况下，比对率通常都会在70%以上。由于基因组中会存在重复区域，在比对中，会出现一条序列比对到基因组多个位置的情况（MultiMap Reads）。同时，因不同物种基因组中的重复区域比例不同，这种比对到多个位置序列的比例会随着物种的变化而有差异。比对结果BAM文件查看起来较为困难，可通过IGV软件进行可视化，显示reads在各染色体上的分布及在基因组中注释的外显子、内含子、基因间区等功能区域的分布，如下图所示：具体的使用方法可参考提供的使用说明文档融享生物公司提供转录组测序分析，低价格，高服务，提供售后服务。陕西泛转录组测序公司
全转录组测序服务利用三代单分子实时测序技术，无需对RNA进行打断和拼接，即可直接获得完整的全长转录本。广东全长转录组测序公司哪里有
问：样品间的相关性有何意义？如何计算?
答：样品间的相关性反应了样品间的相似程度，即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因也越少。生物学重复间的样品的相关系数应大于生物学重复外的样品的相关系数。相关系数的计算方法有三种：A. Pearson correlation; B. Spearman rank correlation; C. Kendall’s τ。我们使用R语言进行Pearson相关系数的计算。
问：认为基因表达的阈值是多少？为什么设置为这个阈值？
答：认为FPKM > 1是基因表达的。这个阈值是主流杂志推荐的，也能够很好的反应基因的表达水平。 广东全长转录组测序公司哪里有
上海融享生物科技有限公司位于放鹤路1088号第5幢330室，拥有一支专业的技术团队。融享是上海融享生物科技有限公司的主营品牌，是专业的从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发，技术咨询，技术服务，产品销售。从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发公司，拥有自己独立的技术体系。我公司拥有强大的技术实力，多年来一直专注于从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发，技术咨询，技术服务，产品销售。从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发从事生物科技，计算机科技 网络科技等一系列的技术开发的发展和创新，打造高指标产品和服务。诚实、守信是对企业的经营要求，也是我们做人的基本准则。公司致力于打造高品质的转录组，16S ITS，靶向甲基化， LncRNA转录测序。
