基因本体论联合会建立的数据库（Gene Ontology）。GO的产生主要是为了解决同一基因在不同数据库定义的混乱性以及不同物种的同一基因在功能定义上的混乱性。它是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（Controlled Vocabulary）来清晰的描述生物体中基因和基因产物的属性。GO 涵盖三个方面，分别描述基因的分子功能（Molecular Function）、细胞的组件作用（Cellular Component）、参与的生物学过程（Biological Process）。基因或蛋白质可以通过 ID 对应或者序列注释的方法找到与之对应的 GO 编号，而 GO 编号可用于对应到 GO Term，即功能类别或者细胞定位融享生物是转录组测序/mRNA测序技术服务商之一，从事转录组测序/mRNA测序已经多年。北京宏转录组测序公司哪里有
问：能否用FPKM进行差异分析？
答：在做差异分析时，我们是采用readcount数据，通过DESeq或者TMM标准化后，进行差异分析。FPKM实际上也是对readcount进行标准化处理的一种方法，各种标准化方法优劣势比较见下图(Dillies, M. A. et al, 2013)，可以看出，在进行差异分析时，DESeq和TMM的标准化效果比较好，FPKM的标准化效果较差，所以，不推荐使用FPKM进行差异分析。
问：为什么要用校正后的p值，能直接用p_value吗？
答：校正后的p值（padj/qvalue），是对p值进行了多重假设检验，能更好地控制假阳性率 湖北cirRNA转录组测序实验全转录组测序技术比较好的公司找融享生物。
1、RNA样本制备
将样本按Trizol抽提说明书进行总RNA提取，利用琼脂糖凝胶电泳检测提取效果，并进行质检（OD260/280≥1.9）
2、测序文库构建
我们采用标准提取方法从组织或细胞中提取RNA，随后对RNA样品进行严格质控，质控标准主要包括以下几个方面：
（1）1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质；
（2）Qubit2.0 Fluorometer：RNA浓度精确定量；
（3）Qsep核酸检测仪（BiOptic Inc.）检测RNA样品的完整性和浓度。
转录组测序进行RNA的研究具有十分多的优点，包括可以检测表达量变化、也可对可变剪接和SNP进行研究、背景噪音小，无信号过饱和问题、数read的数目，所以精确度比基因芯片要高，且可重复性好、无克隆步骤，所以对样品量的要求更低等。获得了测序的原始数据后，我们如何进行数据分析
转录组一定要测重复的原因，与你做其他生物学实验一样，没有重复怎么知道你得到结果的可靠，转录组的重复，是为了验证获得基因的测序的可靠性与差异表达的可靠性。转录组的重复有2种，一是生物学重复，一是技术重复，你说单个样品间差异就很大，这是你的生物学重复不好，那你只做一个转录组，那这样的结果偶然性很大，要尽量选择培养条件一致的样做重复。关于多样品的混样，实际上不需要重复，但是做了比较好，混合测序有一定的缺陷，因为混样本生会降低低表达量基因的检测。全基因组测序找上海融享生物科技有限公司。
问：主成份分析是什么?
答：样品间的相关性反应了样品间的相似程度，即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因也越少。生物学重复间的样品的相关系数应大于生物学重复外的样品的相关系数。相关系数的计算方法有三种：A. Pearson correlation; B. Spearman rank correlation; C. Kendall’s τ。我们使用R语言进行Pearson相关系数的计算。
问：如何判断一个基因是否是差异基因？如果是差异基因，如何判断该基因的表达量是上调还是下调？
答：如果基因的log2Foldchange>0，则认为该差异基因是上调，反之，若log2Foldchange<0，认为该差异基因是下调。 上海哪家做转录组好找融享生物。贵州转录组测序公司哪里有
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将各样品过滤后的测序序列与参考基因组进行比对(mapping)，使其定位到基因组。 本项目分析中，我们使用HISAT2软件进行mapping。参考基因组为Rattus_norvegicus。所用的软件为HISAT2。HISAT采用全局和局部搜索的方法能够有效的比对到RNA Seq测序数据中的spliced reads，是目前比对率比较高 且比较准确的比对软件。在分析过程中，采用软件默认参数
HISAT2的算法主要分为三个部分：
将测序序列整段比对到基因组单外显子
将测序序列分段比对到基因组的两个外显子上
将测序序列分段比对到基因组三个以上（含三个）外显子
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