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转录组测序基本参数
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转录组测序企业商机

1 转录组与基因组的区别

以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步,也是基因表达调控的关键环节。因此,转录组通过转录过程来源于基因组,但与基因组相比较,信息量相对较小,原因是*有很少的基因组DNA被转录。如人类基因组包含有30亿个碱基对,其中大约只有3万~4万个基因转录成mRNA分子,只占总长度的1.5%。个体的基因组是相对稳定的,但其转录组却包含了时间和空间上的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因转录表达情况是不完全相同的。例如,幼年的神经干细胞和成熟分化的神经元,其基因表达谱的不同。同一个体的不同细胞基因表达谱也不一样,即通过转录表达谱区别于其他组织,如脑组织和血管组织等都具有各自特异的基因表达谱而显示出组织的特异性。同样的,我们的机体在正常与疾病状态下,转录组表达谱也会发生比较大的变化,通过正常对照与疾病组的转录组学比较,就可以筛选出差异基因表达谱,用于疾病的早期诊断、用药效果及愈后评估。 转录组测序价格那家好找融享生物。北京医学转录组测序公司

因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。每个基因转录产生的mRNA的量,是受到时空等多种因素调控的,个体在不同的生长发育阶段,或者不同的组织水平,或者响应不同的实验处理,基因转录出mRNA的量都是不一样的。我们通过featurecounts(Liao Y, Smyth GK and Shi W., 2014)软件统计基因的表达量。FPKM(Wagner, et al., 2012)是利用RNA-Seq技术用来定量估计基因表达值的一个非常有效的工具FPKM是Reads per Kilobase Millon Mapped Reads的缩写,由Mortazavi于2008年提出北京医学转录组测序公司上海融享生物做各类转录组测序服务、eccDNA、宏基因组、16S微生物等服务。

测序得到的某些原始下机序列,会含有测序接头序列以及低质量序列,为了保证信息分析数据的质量,我们对原始序列进行过滤,得到高质量的Clean Reads,再进行后续分析,后续分析都基于Clean Reads。所用的软件为trimmomatic和FastQC。

数据处理步骤如下:

(1)去除接头污染的Reads(Reads中接头污染的碱基数大于5bp。对于双端测序,若一端受到接头污染,则去掉两端的Reads);

(2)去除低质量的Reads(Reads中质量值Q≤19的碱基占总碱基的15%以上,对于双端测序,若一端为低质量Reads,则会去掉两端Reads);

(3)去除含N比例大于5%的Reads(对于双端测序,若一端含N比例大于5%,则会去掉两端Reads)。

我们的转录组测序信息分析流程主要分为三部分:测序数据质控(QC)、数据比对分析(mapping)和转录组深层分析。其中,测序数据质控包括过滤测序所得序列、评估测序数据质量以及计算序列长度分布等;数据比对分析主要是针对比对到基因组中的序列,根据不同的基因组注释信息依次进行分类和特征分析,并计算相应的表达量;转录组深层分析包括差异表达分析、可变剪接分析、新转录本预测和变异分析等其他个性化分析。

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转录的功能

1. 获得物种或者组织的转录本信息;

2. 得到转录本上基因的相关信息,如:基因结构,功能等;

3. 发现新的基因;

4. 基因结构优化;

5. 发现可变剪切;

6. 发现基因融合;

7.基因表达差异分析。

样品要求:

⑴样品纯度要求: total RNAOD值应在1.8至2.2之间;电泳检测28S:18S至少大于1.5;⑵样品浓度: total RNA浓度不低于400ng/ul;样品总量不低于15ug;目前样品建库要求降低到1ug,浓度大于50ng/ul即可。

⑶请提供total RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备,需要提供多次样品制备所需样品。 融享生物为您提供一个专业的技术服务,吊炸天的NGS测序技术。河南宏转录组测序服务

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