免疫印迹或蛋白质印迹是分析外泌体较常用的方法之一，其原理是外泌体上特异性抗原与抗体结合。首先对样品进行处理将囊泡裂解并将蛋白质变性，变性后，通过SDS-PAGE分离蛋白质，然后将其转移到硝酸纤维素膜或聚偏二氟乙烯（PVDF）膜上并暴露于针对目的抗原的抗体中。抗体特异性识别膜表面上的抗原，然后将膜暴露于第二抗体中。通过二抗的荧光标签或与二抗偶联的辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶基团进行检测。常用的标记蛋白为CD63、CD81、TSG101和ALIX等。但是此方法的特异性和重复性会受到所用抗体质量的限制。外泌体发挥功能：将细胞或组织中多余的或者有害的分子排除，这为研究生物标志物提供了可能。外泌体的提取分离方法：PEG-base沉淀法。体液外泌体示踪
外泌体与免疫反应、病毒致病性、妊娠、心血管疾病、中枢的神经系统相关疾病和病症进展相关。由外泌体传递到受体细胞的蛋白质、代谢物和核酸有效地改变了它们的生物反应。这种外泌体介导的反应可以促进或阻止疾病。外泌体在调节复杂的细胞内通路方面的固有特性使其在许多疾病的诊疗控制方面具有潜在的用途，主要包括神经退行性疾病和病症。外泌体可被设计用于递送不同的诊疗有效载荷，包括短干扰、反义寡核苷酸、化疗药物和免疫调节剂，并具有将其递送到预期目标的能力。干细胞外泌体NTA免疫印迹或蛋白质印迹是分析外泌体较常用的方法之一，其原理是外泌体上特异性抗原与抗体结合。
流式细胞技术是细胞和小颗粒定性和定量表征的有效方法，其用于外泌体定量检测的准确性也在不断上升。将外泌体表面特异性标志物CD63、CD81等相应抗体进行标记，可用流式细胞仪检测到阳性表达，从而实现对外泌体的定量。但流式细胞技术检测时需要单颗粒悬浮液，当外泌体浓度高或分离过程中发生外泌体囊泡聚集时将导致一次观察到多个颗粒，从而导致数据不准确。因此，为了通过流式细胞仪观察，需要将外泌体通过免疫捕获或共价结合固定在磁珠表面上，从而便于将外泌体囊泡暴露于已知或者预期在外泌体表面表达的抗原的荧光偶联抗体中。在流式细胞术之前，可以在落射荧光显微镜（EPI）下观察与磁珠和荧光抗体偶联的外泌体囊泡。当样品通过流式细胞仪时采集荧光信号，不只可以对外泌体进行高通量分析，还可以基于抗原表达对外泌体进行定量或分类。外泌体中常见的细胞质蛋白是Rabs蛋白，是鸟苷酸三磷酸酶家族的一种。
外泌体分离的主要挑战之一是消除纳米级污染物，包括干扰外泌体标志物解析的游离核酸和脂蛋白。超速离心是目前分离外泌体的主要技术。尽管如此，它仍难以符合临床应用所需的标准，主要是由于该方法得到的外泌体纯度不足，产量较低，完整性欠佳且分离纯化操作耗时长。其他方法，例如基于聚乙二醇（PEG）的沉淀，磷脂酰丝氨酸亲和捕获，尺寸排阻色谱法和膜亲和捕获，近年来已经出现在特定的应用中，但是只适用于特定场景。近来，非对称流场-流分离方法已被用于从细胞和瘤子培养基中高分辨率地分选EV亚群，但其通量受到繁琐的样品制备程序的影响。单一分析耗时的过程也限制了其普遍的应用。因此，目前亟需开发创新技术以提高外泌体分离纯化的效率，纯度，产量，速度和耐用性。基于超滤的技术提供了潜在的有前途的替代方法，但它们也有缺点。在切向流过滤中，使进料流平行于多孔膜流动，以避免堵塞。然而，尽管已实现使用切向流过滤从大量条件细胞培养基中浓缩外泌体，但受制于其一次性模块的成本高，高剪切应力，难以处理小体积样品等因素而难以应用于临床分析。外泌体膜蛋白可以被蛋白酶剪切，剪切的碎片可以作为配体与细胞膜上的受体结合，从而活跃细胞内的信号通路。利用外泌体自身的物理化学性质所研发的各种市售的外泌体分离提取试剂盒也能达到分离效果。
免疫印迹或蛋白质印迹是分析外泌体较常用的方法之一，其原理是外泌体上特异性抗原与抗体结合。首先对样品进行处理将囊泡裂解并将蛋白质变性，变性后，通过SDS-PAGE分离蛋白质，然后将其转移到硝酸纤维素膜或聚偏二氟乙烯（PVDF）膜上并暴露于针对目的抗原的抗体中。抗体特异性识别膜表面上的抗原，然后将膜暴露于第二抗体中。通过二抗的荧光标签或与二抗偶联的辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶基团进行检测。常用的标记蛋白为CD63、CD81、TSG101和ALIX等。但是此方法的特异性和重复性会受到所用抗体质量的限制。外泌体的直径比微泡的要小，后者直径为100nm-1μm。外泌体是包含了复杂RNA和蛋白质的小膜泡(30–150nm)，由所有体外和体内细胞持续分泌。辽宁腹水外泌体透射电镜检测
电子显微镜下外泌体大小不一，通常呈茶托样的圆形或椭圆形。体液外泌体示踪
血浆中的外泌体蛋白既可以当作标志物，也可以进行机理研究？首先，研究人员将慢性淋巴瘤（CLL）患者分为2个亚组：疾病进展期和疾病慢性期。然后利用质谱技术分析了患者血浆外泌体蛋白组，发现S100-A9蛋白在进展期CLL患者中明显高表达，可以作为CLL进展期诊断的辅助标志物。进一步，研究人员通过生信分析发现进展期CLL患者外泌体中的高表达蛋白质主要与炎症和氧化应激有关，而NF-κB通路正是承接此效应的关键通路。通过从进展期CLL患者中分离富含S100-A9蛋白的外泌体加入CLL患者的PBMC细胞中，证实了S100-A9+外泌体能够明显促进进展期CLL患者PBMC细胞中IκBα蛋白的磷酸化上调，进一步活跃NF-κB通路。研究证通过血浆外泌体蛋白组分析不只找到辅助诊断进展期CLL的标志物，并证实了S100-A9+外泌体可通过形成正向反馈调控，不断活跃进展期CLL患者自身PBMC细胞中的NF-κB通路，促进CLL进展的特殊机理。体液外泌体示踪
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