北京WGBS技术服务方案

    cfDNA，cellfreeDNA，就是血液中游离的自身DNA，这些DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的，基本上都是无害的，不用多久会被自身清理掉。不过值得一提的是，当孕妇怀孕的时候，胎儿的DNA也会同时释放到母亲的血液里头去，这是当前火热的无创唐氏筛查的基础。通过抽取母亲的外周血测序分析其中的游离DNA就可以判断胎儿是否存在整个染色体或者大片段DNA的变异。有研究已经证实，**患者外周血中的cfDNA总量，要高于健康人。通过这一点，虽然不能武断的说cfDNA能成为**标志物，但是cfDNA的含量增多，能起到一个较好的提示作用，作为一个初筛的手段。基于cfDNA的液态活检中，尽管ctDNA在**诊断中的应用是当下cfDNA*****，研究**深入的分支。但是，cfDNA作为液态活检，不只是局限于**学。例如，有研究报道对于接受***移植手术的病人，可以通过监测术后外周血中具有捐献者基因特征，片段化的cfDNA含量变化，来评估移植***的排斥情况。 WGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多，广发被接受。北京WGBS技术服务方案

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星状细胞(HSC)是导致肝纤维化发生和进展的关键细胞类型。DNA羟甲基化与转录***有关，其模式在人类疾病中经常发生改变。研究者采用简化基因组氧化-亚硫酸盐测序(RRBS/oxRRBS)检测静止和******状态的大鼠HSC细胞的5mC和5hmC水平，证实了5mC和5hmC在肝纤维化和HSC转分化过程中的整体变化，表明DNA甲基化/羟甲基化是HSC***的关键步骤，可能会为支持纤维生成的分子事件带来新的见解，并可能为疾病进展提供生物标志物以及潜在的新药物靶点。 上海cfDNA甲基化技术服务售后分析基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。

    简化基因组甲基化测序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段，经Bisulfite处理和高通量测序技术进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案，测序量大幅减少，在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析，每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计；及时高效的沟通；以保障高质量研究成果。信息分析基于简化基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 850K芯片为半金标准，价格低，分析简单，较为适合EWAS类型的课题。

    WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本：室温保存三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE样本：室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA：常规WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本：常规WGBS，不少于5x10*6个细胞；微量WGBS，5000个细胞1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；2）***一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;3、全血样本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织：动物组织，30mg以上;植物组织，不同组织。 云生物提供甲基化服务。850K芯片技术服务专业服务

通过甲基化数据与耐药基因Panel数据联合分析。北京WGBS技术服务方案

技术优势

1、ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能**全基因组部分序列，所获得的杂交信息具有偏向性。

2、对于结合位点分析，ChIP-Seq 通过寻找“峰”，结合分辨率可精确到10~30 bp，而芯片上探针由于长度所限，无法精确定位，即使目前比较高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本，在杂交之前需要进行LM-PCR，但可能导致背景增高，竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq *需要纳克级起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。 北京WGBS技术服务方案