广东Chip-seq技术服务共同合作

    芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具，已经在很多领域有了相应的应用。多家芯片公司在DNA甲基化这块儿有了相应的产品提供，其中应用**为***的就Agilent平台和Illumina平台，相应的产品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相应的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已经停产。不同的芯片平台，各自的实验过程也是不一样的。安捷伦前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技术。将基因组DNA分成两份，一份用来做MeDIP，另一份作为对照。两个样品都标记荧光(富集的样品用Cy5标记，对照用Cy3标记)，然后与芯片杂交。芯片上每个探针的Cy5/Cy3强度比例显示出该区域的甲基化程度。 WGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多，广发被接受。广东Chip-seq技术服务共同合作

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。江苏MeDIP-Seq技术服务售后服务筛选耐药的相关biomaker及表观调控机制。

    全基因组甲基化测序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合，对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序，是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势DNA甲基化检测**有力的工具单碱基分辨率，检测每个C碱基的甲基化状态全基因组范围，**限度地获得甲基化信息适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>=30X信息分析基于全基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人员可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的850,000多个甲基化位点。包括FFPE在内的多重样本可以并行分析，以便在每样本比较低成本的情况下实现高通量功能。依托业界**的Infinium实验分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表观基因组关联研究(EWAS)的理想之选。它提供了由**精选的***的覆盖范围，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG岛，高覆盖度的增强子区域和其他内容类别。由于超过90%的Infinium HumanMethylation450K位点内容都涵盖在内，因此新一代MethylationEPIC试剂盒对这些位点也完全支持。高通量BSP测序结果多种展示形式。

    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 ATAC-seq实验过程短，从实验到分析可达2周。浙江RIP-seq技术服务活动

ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。广东Chip-seq技术服务共同合作

荧光定量法（Methylight）

这种技术是在MSP技术上发展起来的，在MSP扩增过程中利用荧光染料进行定量。TaqMan? 探针法的应用使得该技术具有更高的精确性。其原理与SNP检测类似，针对亚硫酸氢盐处理之后的DN**段，在甲基化位点上会存在单碱基的差异，根据这种差异进行探针设计，随后进行实时定量PCR，就能够检测甲基化的差异。这种方法**的优势在于其高敏感性和较高通量，且无需在PCR后电泳、杂交等操作，减少了污染和操作误差。但是TaqMan? 探针订购费用较高，适用于少数位点大量样本筛选。 广东Chip-seq技术服务共同合作