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    Agilent甲基化芯片通过SurePrint芯片合成**技术，结合优化的探针设计及实验方法，可灵活进行甲基化研究，得到高灵敏度、高特异性、高重复性的结果。技术流程：1.将基因组DNA超声打断成400-500bpDN**段；2.加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份；3.其中一份单链DNA样品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗体。使用免疫磁珠法分离样品中甲基化DN**段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DN**段被洗脱；4.纯化免疫共沉淀的DN**段；对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记；5.标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与芯片杂交；6.检测杂交信号并进行数据分析。芯片种类：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●绝大多数基因是针对基因启动子区域的CpG岛设计探针。●芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。●从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。●特别适用于**甲基化研究。 TBS具有高深度、定量、高准确性 。辽宁RIP-seq技术服务专业服务

荧光定量法（Methylight）

这种技术是在MSP技术上发展起来的，在MSP扩增过程中利用荧光染料进行定量。TaqMan? 探针法的应用使得该技术具有更高的精确性。其原理与SNP检测类似，针对亚硫酸氢盐处理之后的DN**段，在甲基化位点上会存在单碱基的差异，根据这种差异进行探针设计，随后进行实时定量PCR，就能够检测甲基化的差异。这种方法**的优势在于其高敏感性和较高通量，且无需在PCR后电泳、杂交等操作，减少了污染和操作误差。但是TaqMan? 探针订购费用较高，适用于少数位点大量样本筛选。 北京cfDNA甲基化技术服务DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴。

    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。

    随着二代测序技术的告诉发展，测序成本大幅度下降，使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功，已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法，如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合，可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合，可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 FFPE样本只需要室温运输。

甲基化特异性PCR（MS-PCR）

DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNA CpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。

这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。 WGBS技术及应用是有力方案。上海Chip-seq技术服务售后分析

5mc是表观遗传重要的一种修饰，存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”。辽宁RIP-seq技术服务专业服务

亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)

这种方法一度被认为是DNA甲基化分析的金标准。它的过程如下：经过亚硫酸氢盐处理后，设计引物进行PCR扩增目的片段，并对PCR产物进行克隆测序，将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但因为涉及到测序，其结果准确但要求克隆时所挑克隆较多，操作繁琐，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依赖于挑选克隆的数目，因此这种方法只能算得上是一种半定量的技术方法。

目前一般会先用BSP找到甲基化位点，然后根据甲基化位点设计MSP引物，进行相应PCR条件摸索，以用于大量样本的筛选。 辽宁RIP-seq技术服务专业服务