与上海交通大学医学院附属新华医院临床科室深度合作(新华医院为国内儿科领域排名**医院),将2018年发表于cell上的干性指数算法进行***还原,并通过大规模公共数据库挖掘与分析,成功应用到小儿髓母细胞瘤分子亚型病理分析与药物筛选领域,并发表于老牌**学杂志Molecular
Oncology( 2020 IF=6.574),同时获得杂志社编审一致好评,如临床样本丰富,进入10分档次无问题;后续深度合作,我们将相关算法进行了系列开发,在多种**的分子亚型鉴别方面获得成功,目前已有多篇文章再投或修稿,影响因子在2-7分之间。 外泌体样本怎么制备呢?广东数据库外泌体售后服务
体液样本收集外泌体,乳汁。1、样本采集:
1).采集方式:不同的方式(手动或电刺激)收集的乳汁会影响其脂肪的含量,皮肤对样本的污染程度也不同。
2). 采集部位:乳房的前后部产生的乳汁成分有一定差异,一般采集相同体积后混合,或者从全乳收集。
3). 样本保存:低温保存。不可冰冻或常温、高温保存。不同的保存容器(玻璃、聚乙烯、聚丙烯等)会通过影响细胞含量而影响外泌体的含量。
2、注意事项
要注意选择对照组,因为有很多因素可以影响乳汁中外泌体的成分,其中包括泌乳阶段、乳汁产量、婴儿哺乳、饮食、代谢状态、生理与心理状态等。例如初乳(1-5天)、过渡乳(6-15天)和成熟乳中蛋白质、脂肪、维生素和抗体的浓度相差很大。 上海样本制备外泌体报价血液样本的外泌体怎么制备?
exoRBase由云生物平台协助复旦大学上海**研究所黄胜林研究员团队构建,该数据库于2018年1月发表在NucleicAcidsResearch杂志,文章题为:exoRBase:adatabaseofcircRNA,lncRNAandmRNAinhumanbloodexosomes。exoRBase是人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存储库,还包括已发表文献的实验验证。exoRBase对标准化RNA-seq数据的RNA表达谱进行了整合和可视化,数据涵盖了正常个体和不同疾病患者。数据库网址:。exoRBase数据库收集和描述人类血液外泌体中所有长的RNA,目前包含58330个circRNA、15501个LncRNA和18333个mRNA,提供了注释、表达水平和可能的来源组织,数据库将定期更新,提供更多的外泌体RNA信息。数据库收录的样本包括健康对照者32例,冠状动脉心脏疾病(CHD)6例,结肠*(CRC)12例,肝细胞*(HCC)21例,胰腺腺*(PAAD)14例,乳腺*2例。所有收集到的数据都经过相同的预处理。除此之外,还分析了LncRNA和mRNA在人类组织中的组织特异性,以及circRNA的来源等。
众所周知,成熟的miRNA可以与装配蛋白(assemblyproteins)相互作用,形成一个复合物,称miRISC。miRISC的主要成分包括miRNA、可被miRNA***的mRNA、GW182和AGO2。人类AGO2蛋白,主要结合miRNA5’末端的U或A碱基,能介导mRNA和miRNA结合,介导后续的翻译***或mRNA分子降解。**近研究发现AGO2蛋白和外泌体miRNA分拣机制之间有一种可能的联系。对外泌体蛋白进行分析时,用质谱MS或WBD都有发现AGO2蛋白的存在。Guduric-Fuchsetal.发现敲除了AGO2基因后,会减少那些偏好于进入外泌体的miRNA的类型或丰度,如HEK293T细胞系来源的外泌体中的miR-451,miR-150和miR-142-3p。还有些证据也支持miRISC和外泌体miRNA分拣之间的联系。首先,miRISC的主要成分被发现与MVB(多囊泡小体)有相同定位;其次,阻碍MVB被溶酶体降解会导致miRISC的过度累积,而阻断MVB形成会导致miRISC的丢失;再次,细胞***时出现的miRNA***靶序列水平的变化可能引起外泌体miRNA的分拣。总之,某些miRNA中的特异序列可能指导它们整合入外泌体,而有些酶或其他蛋白质可能也能控制外泌体miRNA的分拣--以一种不依赖于miRNA序列的形式。 腹水样本外泌体怎么制备?
基于目前的研究,miRNA分拣如外泌体有四条可能的途径,虽然深层的机制还远不够清楚。一、中性鞘磷脂酶-2(nSMase2)依赖性途径。nSMase2是***个被报道与miRNA进入外泌体有关的分子。Kosakaetal.发现nSMase2的过表达能增加外泌体miRNA的数量,相反地,***nSMase2表达减少外泌体miRNA数量。二、miRNA模体和苏素化核不均一核糖**白(hnRNPs)依赖性途径。Villarroya-Beltrietal.发现苏素化的hnRNPA2B1能识别miRNA序列上的3’端部分,引起特异性的miRNA被装入外泌体。类似的是,其他两种hnRNP家族蛋白,hnRNPA1和hnRNPC,也能与外泌体miRNA结合,提示它们也可能是miRNA分拣机制中的一员。然而,结合的模体还未明确。三、miRNA序列3’末端依赖性途径。Koppers-Lalicetal.发现尿苷化的内源性miRNA的3’末端主要存在于来自B细胞或尿液的外泌体中,而腺苷化的内源性miRNA的3’末端主要存在于B细胞中。以上两种选择模式共同提示了miRNA序列3’末端含有一个关键的分拣信号。四、miRNA诱导的沉默复合体(miRISC)相关途径。 云生物主营产品很多,包括外泌体抽提和测序。上海样本制备外泌体报价
外泌体RNA质检内容包括哪些?广东数据库外泌体售后服务
外泌体的相关成分:⊙外泌体的膜同细胞一样,是磷脂双分子层
⊙外泌体膜含有MHC-1/2蛋白,能绑定特异性的肽链
⊙外泌体膜中有跨膜蛋白PGRL、LAMP1、LAMP2
⊙外泌体膜中有膜转运融合蛋白annexins、RAN、GTPases
⊙外泌体膜上有脂质筏Chol、ceramide、SM、PC,限制膜流动,参与包括跨膜信号转导、物质内吞、脂质及蛋白定向分选的多种功能
⊙外泌体中含有核酸,包括miRNA、DNA、lncRNA、mRNA;同时还有一些蛋白、脂类也能被包裹到外泌体中
⊙与外泌体产生相关的重要分子:Ral、ARF6、PLD2、RAB家族
⊙一些物质进行外泌体中是特异性的:如hnRNPA2B1能结合lncRNA或miRNA特异性的序列(GGAG/CCCU),进行主动包埋 广东数据库外泌体售后服务