**预防和***的一个手段是通过去甲基化恢复某些关键的抑*基因或DNA修复基因的活性,目前研究**多的是DNMTs***剂,它通过***DNMT活性以逆转异常的DNA甲基化。**个表型修饰药物为5-azacytidine及其类似物5-aza-2'-deoxycytidine(5-aza-CdR),这类药物已经美国FDA批准用于白血病前骨髓增生异常综合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的类似物,在DNA复制过程中可以掺入到DNA链中,一方面它可以降低DNA接收甲基的能力,另一方面它***DNMT活性,导致DNA甲基化水平的降低。体外和体内试验均表明,5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平从而*****的能力,临床表明应用5-aza-CdR可提高部分IV期小细胞肺*患者生存率,但该药也存在着不可忽视的毒副作用(如特异性不强,不能针对某一特定抑*基因进行靶向***;高剂量的5-aza-CdR可能诱发**的转移),因此其在临床上的应用受到了很大限制。也有研究表明,低剂量的As2O3可起到***肝*的目的。 DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。上海cfDNA甲基化技术服务专业服务
cfDNABS-Seq送样要求一、送样类型分离好的血浆二、保存方式分离后的血浆,用ml离心管分装,例如:1ml/管;放-20℃冰箱中保存(短暂保存,1-2周);放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间不能冻融。三、运输条件干冰运输:顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管(不建议使用普通的EDTA-钠抗凝管),采集10ml外周静脉血(客户没有Streck**管,公司配送);2、室温或者放置4℃冰箱中半小时以上,不超过8小时,进行血浆分离步骤五、血浆分离步骤1、4℃条件下以1600g离心10min,离心后将上清(血浆)分装到2、4℃条件下以16000g离心10min去除残余细胞,将上清移入新的离心管中,每管分装1ml;3、血浆样本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰运输,提取之前不能冻融。备注1:血浆分离在4℃条件进行,如果客户没有冷冻离心机,也可以在室温条件下进行;备注2:离心后取血浆上清,避免吸取白细胞;通常10ml全血可以获得4-5ml血浆。 山东TBS技术服务口碑推荐5hmc是发现的一种修饰碱基,成为哺乳动物的“第六碱基”。
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星状细胞(HSC)是导致肝纤维化发生和进展的关键细胞类型。DNA羟甲基化与转录***有关,其模式在人类疾病中经常发生改变。研究者采用简化基因组氧化-亚硫酸盐测序(RRBS/oxRRBS)检测静止和******状态的大鼠HSC细胞的5mC和5hmC水平,证实了5mC和5hmC在肝纤维化和HSC转分化过程中的整体变化,表明DNA甲基化/羟甲基化是HSC***的关键步骤,可能会为支持纤维生成的分子事件带来新的见解,并可能为疾病进展提供生物标志物以及潜在的新药物靶点。
微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我们以早产幼猪为模型,采用RRBS测序,比较正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早产猪的肠道DNA甲基化差异,发现***减少了细菌密度及多样性,同时改变了DNA甲基化水平。其中与先天免疫应答、吞噬、内皮稳态和组织代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异。这种有赖肠道菌群的表观遗传修饰参与调控肠道免疫及营养代谢等,可能对早产儿的短期和长期的肠道健康至关重要。 5mc是表观遗传重要的一种修饰,存在于植物、动物等真核生物基因组中,被誉为“第五碱基”。
甲基化是表观修饰的重要部分,DNA甲基化可以引起DNA构象、稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而影响基因表达。DNA链中含有很多CpG结构,双链DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化,基因组中60~90%的CpG都被甲基化,未甲基化的CpG成簇出现在基因启动子**序列或者转录起始位点。DNA甲基化转移酶可以催化CpG的甲基化反应。DNA甲基化转移酶有两种,Dnmt1是一种持续性甲基化转移酶,作用于只有一条链甲基化的DNA双链,使其完全甲基化,参与DNA复制过程中新合成链的甲基化修饰;Dnmt3a/Dnmt3b是一种从头甲基化转移酶,可以在CpG上产生新的甲基化修饰,首先半甲基化,继而全甲基化,该甲基化转移酶可能参与细胞生长分化的调控,在**基因甲基化中起到重要作用。近年来CRISPR/Cas9技术得到快速发展,在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一个Dnmt3a,能够通过dCas9介导特定位点的甲基化修饰,调控相关基因的表达。 强化版RRBS技术及应用是高性价比方案。四川WGBS技术服务专业服务
不同的芯片平台,各自的实验过程也是不一样的。上海cfDNA甲基化技术服务专业服务
6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类):放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、植物组织(包含藻类):干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;四、样本量要求1、基因组DNA:不少于6ug1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类):1g以上;植物组织,不同组织,送样量不同植物组织:从植物体上,取下新鲜组织,用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;取不少于1g叶片等组织,对于果实等含糖很高的组织,送样前需要咨询技术人员。3、动物组织:30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液;取不少于30mg(1/2绿豆大小)组织块,放置-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 上海cfDNA甲基化技术服务专业服务