SLAMseq代谢标记试剂盒:标准的RNA-seq方法可以评估总RNA丰度,但不能解决RNA转录和降解整体动态水平的动力学问题。SLAMseq系列产品以时间作为RNA-Seq的一个新维度,能同时对新合成的和已有的RNA进行定量分析。产品优势:可进行转录组--RNA合成及降解的动力学分析;获取控制基因表达的新见解;建立刺激诱导的RNA转录和降解之间序列改变的模型;通过比较新生转录水平,***提高差异表达的分辨率;只需向RNA-Seq工作流添加两个步骤,无需pull-down实验或生化隔离;对于时间分辨的RNA-seq,整合了Lexogen’sSLAMseq标记试剂盒,QuantSeq3’mRNA-Seq文库构建试剂盒,以及SLAMdunk分析软件。工作流程:SLAMseq系列产品是基于一种新的全转录组定量、快速和可靠的标记方法:通过硫醇(SH)烷基化标记用于RNA的代谢测序1。用核苷酸类似物4-硫代嘌呤(4-Thiouridine,S4U)与细胞孵育,S4U被细胞摄入,并整合到新转录的,新生的RNA中。该工作流程的关键特点是烷基化步骤,使用碘乙酰胺(iodoacetamide,IAA)修饰S4U核苷酸,导致核苷酸在逆转录过程中发生转化。因此,S4U标记的转录本,在测序读取过程中,会导致胸腺嘧啶变成胞嘧啶(T>C)。 云生物专业致力于Lexogen试剂盒生产。江苏胶提取Lexogen试剂盒
Lexogen是一个为NGS技术提供创新性解决方案的生物公司。公司的主要专注于RNA测序技术的开发,以解决转录组的复杂性。Lexogen于2007年成立,在2013年发布了***款商业化产品。公司总部位于奥地利维也纳,北美办事处设在美国新罕布什尔州。SLAMseq Metabolic RNA Labeling Kit:通过区分新合成和已存在的RNA来分析RNA合成和降解;与Quantseq联合使用,在控制基因表达方面获取新的见解。SPLIT RNA Extraction Kit:不需要DNase,高产量,高效回收,***适用于各种分物种;可从同一个样本中纯化总RNA或小片段或大片段RNA;同样适用于血液RNA提取。QuantSeq3’mRNA-Seq Library PrepKits、QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library PrepKit:低成本基因表达谱分析-适用于低起始量,低质量以及血液样本。 山东PCR Add-on Kit for Ion TorrentLexogen试剂盒销售云生物的Lexogen试剂盒产品种类繁多。
RiboCoprRNA去除试剂盒(人/小鼠/大鼠):总RNA中包含大量核糖体RNA(rRNA),通常科研人员对这些rRNA不感兴趣。Lexogen公司的RiboCoprRNA去除试剂盒可以高效地从完整的或降解的大鼠、小鼠和人类总RNA样本中去除rRNA。去除rRNA后的RNA样本可以用于二代测序(NGS),或其它需求的RNA分析应用。产品优势:高度特异性去除(高达%)人类、小鼠、大鼠RNA样本中的细胞质rRNA(28S、18S、、5S、45S)和线粒体rRNA(mt16S、mt12S);适用于完整高质量的或降解的RNA(如FFPE样本);灵活的RNAinput量(1ng-1μg的总RNAinput量);自动化友好的操作流程—基于磁珠纯化流程;简单稳定的工作流程—无酶促反应和机械剪切步骤;可以与任何RNA-seq文库构建试剂盒无缝对接(包括Lexogen公司的CORALLTotalRNA-Seq);NEW!流程更快:(包括20min的手动操作时间)。工作流程:亲和探针和总RNA(1ng–1μg)一起混合并变性,促进探针结合靶标序列。然后,在高温下进行RNA和探针的杂交,同时,rRNA去除磁珠可以从溶液中除去探针和杂交的核糖体RNA。***用磁珠纯化剩余的RNA完成整个过程。整个流程通过使用磁珠达到rRNA的***和纯化的目的,便于实现自动化操作,并可在2小时内快速、便捷的除去rRNA。
Quanteq pool样品barcode 3‘ mRNA-seq文库构建试剂盒:产品优势:对于筛查项目是高性价比的基因表达分析方法批量处理,省时、省力、省成本可从几个样本到36,864个样本的批量处理。简介:迄今为止,基因表达谱分析是RNA-Seq在生物医学研究和诊断中**常用的应用。传统的基因表达项目使用mRNA测序技术,可以对全长转录本进行单核苷水平的***解析,但对样品处理数量有限,成本高。尽管测序的价格在持续下降,样品制备、测序和数据处理仍然是限制高通量筛选的主要成本。
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SLAMseq代谢标记试剂盒:产品应用:测量RNA合成及降解速率:用S4U标记小鼠胚胎干细胞,随后抽提出总RNA,烷基化,用QuantSeq3’mRNA试剂盒进行文库构建和测序。首先,用S4U标记mESCs24小时,然后用未标记的尿苷进行冲洗和尿苷终止反应(U终止反应)。测序数据用SLAMDUNK软件进行分析。RNA的周转速率决定了整个转录组。图2显示了两个基因的合成与降解典型动力学实验数据。转录因子HES1具有高的周转速率(RNA合成与降解速率高),而对于管家基因NDUFA7,它的周转速率较低。新转录RNA及总RNA差异表达谱并行分析SLAMseq可以从同一个样本中同时分析总RNA及新转录RNA的表达。为阐明标准RNA测序,稳态RNA-seq以及基于SLAMseq的代谢RNA测序之间的差异,Muhar等人在人细胞系中做了基因差异表达分析(Muharetal.,2018)。SLAMseq可***提高基因差异表达检测和定量的灵敏度()。SLAMseq可分析新合成mRNA水平来揭示抑制剂处理对转录的反应,而标准RNA-Seq却不行。因此,SLAMseq是揭示细胞反应潜在机制和药物发现研究的理想选择。 云生物专业致力于Lexogen试剂盒的销售。湖北CORALL Total RNA-seq文库构建试剂盒Lexogen试剂盒
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Quant-seq表达谱文库构建试剂盒:Quantseq在低质量RNA中的表现:Quantseq在高质量和低质量(FFPE)样本中有很好的相关性:用同一来源的不同质量RNA样本进行比较,评估Quantseq适用于高度降解的样本(如FFPE样本)的能力。将人的MOLP-8**细胞系分成两份,一份进行新鲜冷冻,一份处理成FFPE样本,从而使同一个来源的样本得到不同质量的RNA。用RIN值(RNA完整度)来区分RNA的质量。RIN值大于8表示RNA质量高。对应严重降解的样本,RIN值不适用于质量的评估,因此使用DV200值(大于200nt的RN**段的分布值)来表示RNA质量。低完整度的RNA对应低DV200值。RNA提取后,FFPE样本的DV200值为87%(RIN值),冷冻样本RIN值为。使用50ng总RNA,用QuantSeqFWD试剂盒进行文库构建。FFPE样本提取的RNA,即使DV200值低至23%(数据未显示)仍能成功构建Quantseq文库。FFPE样本有对应的低质量RNA建库操作流程,对应冷冻样本,应用标准操作流程。文库在Hiseq2500上进行用1x50bp读长测序。FFPE-RNA文库和冷冻保存RNA文库的基因表达的相关性很高(R²=),表示Quantseq能在不同质量的RNA中表现稳定。 江苏胶提取Lexogen试剂盒