SIRVs-Spike-InRNA质控标准品:数据分析:将spike-inRNA-seq实验的数据统一比对到参考基因组以及SIRVome(人工“基因组”涵盖标准品的详细序列和注释信息)上。常规和定制的生物信息学工具可从不同维度对检测的结果和预期的SIRVreads分布进行比较,如从原始reads的比对到转录本鉴定及定量。在“Galaxy”环境中使用已经发表的软件工具以及算法,能够在**的“SIRVSuite”中实现示例性数据评估的工作流程()。它可以为单个SIRV实验以及实验间的比较提供设计和评估。为了评估RNA测序中的ERCC测序数据,NIST提供了名为“ERCCdashboard”5的软件包,并且在SEQC/MAQC-III协会的出版物中对其做了进一步的评估。数据分析的质量测定包括准确度和精度以及偏差系数,衡量实测和预期之间的偏差。虽然在方法开发过程中监控***排序非常重要,但实验数据比较的关键参数不是实验中偏差的程度,而是偏差的一致性。可以基于SIRV的复杂性来确定实验之间的偏差。这些分析的结论有助于判断数据之间是否具有可比性,并且有助于设置实验固有偏差的基线,了解样本之间的技术差异是提出有意义的生物学问题的先决条件。 Lexogen试剂盒的特点成为了一个重要因素。湖北PCR Add-on Kit for IlluminaLexogen试剂盒
ploy(A)RNA选择试剂盒:LexogenPoly(A)RNA选择试剂盒可以快速、高度特异性富集来自总RNA样品的多腺苷酸化RNA,从而有效地去除通常不太感兴趣的高丰度细胞质核糖体RNA(rRNA)。适用于各种RNA分析需求,例如RNA-seq。产品优势:高度特异性富集来自总RNA样品的多腺苷酸化RNA(>97%蛋白编码RNA);灵活的RNA投入量(500ng-100μg的总RNA投入量);对于CORALL,input量可以低至1ng-1μg;Poly(A)RNA纯化比较高可达500μg(100x5μg)或1,000μg总RNA(10x100μg);自动化友好的操作流程—基于磁珠纯化流程;快速—手动操作时间只需20min;洗脱的或与磁珠结合的Poly(A)RNA可与下游各种应用无缝衔接。工作流程:总RNA变性后,mRNA3'端的poly(A)会与磁珠上的oligo(dT)进行杂交。通过清洗,将没有poly(A)结构的RNA(例如rRNA、tRNA)去除掉。从磁珠上洗脱下来的mRNA(含polyA结构)可用于下游的各种应用,例如cDNA文库构建,RT-PCR,以及总RNA-seq。同样,结合在磁珠上的mRNA也可以直接用于下游的应用(如一链的合成)。Poly(A)RNA选择试剂盒可以与CORALLTotalRNA-Seq文库构建试剂盒结合使用。性能表现:Poly(A)RNA选择试剂盒可以高效特异的对含poly(A)RNA进行富集。 天津磁珠纯化模块Lexogen试剂盒活动您知道云生物的Lexogen试剂盒系列都有哪些吗?
Quant-seq表达谱文库构建试剂盒:建库流程:QuantSeq 表达谱建库试剂盒通过oligo dT引物特异逆转录poly(A)尾3’mRNA,第二链使用随机引物进行合成。由于插入片段的大小是由第二链合成引物和poly(A)尾之间的距离决定的,因此无需额外进行 RN**段化。随后的PCR可以提供9,216个不同的i5/i7index组合用于Illumina平台,48个index 用于Ion Torrent平台。能够实现更多样本混样测序。Lexogen提供两个版本的Illumina Quantseq 表达谱建库试剂盒,不同处在于Illumina接头序列的位置。下图绿色的是Read 1的序列,蓝色的是Read 2的序列。QuantSeq Forward (FWD) 在第二链合成的引物中包含Read 1 序列。因此,测序的方向是朝向poly(A)尾的方向。推荐使用这种方法进行基因表达的分析。如果研究关注的是转录的3’端序列或者双端测序策略,推荐使用QuantSeq Reverse (REV),Read 1 接头序列由oligo(dT)引物引入。
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云生物专注于生物医药科研平台服务及基因检测定制,包括测序、芯片、数据库建设、软件开发以及其他科研解决方案和民用型基因检测产品。云生物拥有多个经验丰富、可提供一对一个性化定制分析服务的实验室平台,包括基因调控(ATAC-seq、CHIP-seq、Hi-C测序)、分子生物(数字PCR、荧光定量PCR、焦磷酸测序、PGM)、核酸测序(基因组、转录组、多样性)、芯片检测(基因芯片、蛋白芯片、组织芯片、PCR芯片)、蛋白代谢(蛋白组、代谢组、脂质组)、形态影像(免疫组化)、蛋白定量(定量Wes检测)、细胞生物(细胞生物学、ips、CRISPR/Cas9、细胞株构建)、生物信息(在线系统、软件开发、相关数据库)和转化应用(MicrobeTrakr)等等。 您喜欢Lexogen试剂盒的这些特点吗?广东QuantSeq-Flex第二链合成模块Lexogen试剂盒活动
Lexogen试剂盒的各种系列应用领域还是不一样的。湖北PCR Add-on Kit for IlluminaLexogen试剂盒
TraPR功能性小RNA提取试剂盒:小RNA是基因表达的重要调控因子,并参与各种调控通路,如**、炎症和发育。此外,sRNAs可以作为疾病检测或监测的生物标记物,也可以作为药物靶点。这些sRNAs与Argonaute家族(AGOs)的特定蛋白结合,形成RNA诱导的沉默复合体(RISCs),并引导AGO蛋白到达各自的靶点。目前特异性分离功能性sRNAs主要是通过免疫共沉淀(Co-IP)的方式。Co-IP是一种非常特异且灵敏的方法用于分离功能性sRNAs,但它有很大的局限性,**于一种感兴趣的生物体,需要昂贵且可用的抗体。另外,用商业化的sRNA提取试剂盒(膜柱法)对sRNA进行分离是一种比较快速、简单和廉价的方式,但特异性差,因为所有小于200nt的RNA都会被纯化。因此,RNAseq的大部分reads将被浪费在RNA降解产生的非功能性RN**段上。后者可通过繁琐的切胶回收等步骤来提高特异性,但是切胶回收仍然纯粹是基于片段的大小选择,因此不能区分功能性sRNAs和降解RN**段。迄今为止,还没有将AGOCo-IP的特异性与简单的商业化sRNA提取试剂盒相结合的方法。 湖北PCR Add-on Kit for IlluminaLexogen试剂盒