安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台,可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因,其中2128个和**发生有关系。从功能上分,有256基因和细胞凋亡有关,1273个基因和信号传导有关,487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。5mc是表观遗传重要的一种修饰,存在于植物、动物等真核生物基因组中,被誉为“第五碱基”。辽宁6mA技术服务服务
随着二代测序技术的告诉发展,测序成本大幅度下降,使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功,已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法,如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合,可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合,可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现,更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前,美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术,直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 浙江MeDIP-Seq技术服务售后服务WGBS技术及应用是有力方案。
重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。技术优势高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点);样品浓度>30ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:>。
RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究细胞内蛋白与RNA相互作用的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能更有效地发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀RIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,因此RIP实验的优化条件与ChIP实验并不相同。RIP实验下游结合二代测序技术称为RIP-seq,通过高通量测序和分析,深度解析与目标蛋白相互结合的RNA的区域或种类和相互作用强弱。应用领域1.高效获取蛋白所结合的RNA,在全转录组范围得到与蛋白有相互作用的RNA,包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.准确获取蛋白结合RNA的特征,通过RNA结合区域的富集得到蛋白结合的RNA位置。3.通过motif分析获取蛋白结合序列的偏好性。技术优势***的确定蛋白质在细胞自然状态下与RNA结合的研究手段,可以有效的鉴定一个蛋白是否是RNA结合蛋白以及RNA结合蛋白与哪些RNA直接作用,并确定其结合位点。,得知相互作用RNA的类型。,可通过分析可得知与蛋白作用的RNA序列。 RRBS开发的初衷就是为人和哺乳动物,提供全基因组范围的、高性价比的甲基化检测金标准方案。
DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶(Dnmt)的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的过程,刚被发现时被定义为第五种碱基,实际上它是一种重要的表观遗传学标记,在调控基因表达、维持染色质结构、基因印记、X染色体失活以及胚胎发育等生物学过程中发挥着重大的作用,它就像魔术师手中一顶**神奇的“帽子”,带给世人层出不穷的惊喜。DNA甲基化的发生、保持和去除都处在生物体精细的调控中,一旦发生紊乱,对于动物而言将导致胚胎死亡或者**等重大疾病,对于植物而言将会出现各种的表型缺陷,那么这顶神奇的“帽子”是如何发挥它神奇功用的呢?这个问题成为整个生物界**热的研究焦点之一。研究者们从DNA甲基化的发生机制,保持机制到去甲基化机制,从基因组甲基化状况研究到特异位点甲基化状况研究,从**初CpG位点的研究到non-CpG位点的研究,从高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究,以及与其密切相关的羟甲基化也慢慢进入人们的视野,***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**杂志上经常能看到它熟悉的身影,说它是生物学研究的“宠儿”一点都不为过。正所谓“工欲善其事,必先利其器”。 焦磷酸测序能提供杂合子缺失及细菌和病毒分型等技术服务。广东RIP-seq技术服务欢迎咨询
FFPE样本只需要室温运输。辽宁6mA技术服务服务
6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类):放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、植物组织(包含藻类):干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;四、样本量要求1、基因组DNA:不少于6ug1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类):1g以上;植物组织,不同组织,送样量不同植物组织:从植物体上,取下新鲜组织,用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;取不少于1g叶片等组织,对于果实等含糖很高的组织,送样前需要咨询技术人员。3、动物组织:30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液;取不少于30mg(1/2绿豆大小)组织块,放置-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 辽宁6mA技术服务服务