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甲基化特异性PCR（MS-PCR）

DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNA CpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。

这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。 重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。上海TBS技术服务售后分析

    简化基因组甲基化测序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段，经Bisulfite处理和高通量测序技术进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案，测序量大幅减少，在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析，每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计；及时高效的沟通；以保障高质量研究成果。信息分析基于简化基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 江苏MeDIP-Seq技术服务口碑推荐高通量BSP测序结果多种展示形式。

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。

    随着二代测序技术的告诉发展，测序成本大幅度下降，使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功，已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法，如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合，可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合，可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 羟甲基化DNA免疫沉淀测序是通过5hmC特异性抗体富集结合高通量测序技术。

    6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、植物组织(包含藻类)：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、样本量要求1、基因组DNA：不少于6ug1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类)：1g以上;植物组织，不同组织，送样量不同植物组织：从植物体上，取下新鲜组织，用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干；取不少于1g叶片等组织，对于果实等含糖很高的组织，送样前需要咨询技术人员。3、动物组织：30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液；取不少于30mg（1/2绿豆大小）组织块，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 cfDNA，cell free DNA，就是血液中游离的自身DNA。辽宁TBS技术服务欢迎咨询

FFPE样本只需要室温运输。上海TBS技术服务售后分析

DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴，已经越来越受到研究者的关注。近些年来，随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现，使得DNA甲基化研究受到***关注，从医学领域扩展到动植物研究当中，同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种，从应用上来分，大致可以分成两类：全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面，我们就这两大类检测技术进行分析比较，以便于在实际的科研工作中进行选择。上海TBS技术服务售后分析