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安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。云生物提供测序服务。辽宁TBS技术服务

    WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本：室温保存三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE样本：室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA：常规WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本：常规WGBS，不少于5x10*6个细胞；微量WGBS，5000个细胞1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；2）***一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;3、全血样本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织：动物组织，30mg以上;植物组织，不同组织。 北京RRBS技术服务活动通过甲基化数据，筛选疾病耐药的差异甲基化。

甲基化特异性PCR（MS-PCR）

DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNA CpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。

这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。

    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 5hmc是发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”。

    随着二代测序技术的告诉发展，测序成本大幅度下降，使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功，已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法，如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合，可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合，可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 焦磷酸测序技术服务基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平台。重庆hMeDIP-Seq技术服务欢迎咨询

850K芯片为半金标准，价格低，分析简单，较为适合EWAS类型的课题。辽宁TBS技术服务

发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通过RRBS测序，比较了早期驯化的

(n=12)与野生的(n=12)

欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化，发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异，但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠，表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。 辽宁TBS技术服务