湖北地理谱系遗传小基因组测序服务

叶绿体基因组序列已被***用于重建植物系统发育。研究中选取了66个植物分类群的82个蛋白质编码基因数据集（包括七种五味子科物种）进行系统发育分析的ML和BI方法。Kadsura和Schisandra形成了单一的分支，并且是Illicium的姐妹。利用该数据集也建立了五种八角茴香物种之间的系统发育关系。与核基因组相比，叶绿体基因组具有相对小的尺寸、单亲遗传、基因含量和顺序的保守性以及高拷贝数等特征。叶绿体基因组序列数据有助于推断与其他被子植物家族的骨架关系，以及解决物种的系统发育关系，是测试谱系特异性分子进化的良好模型。做小基因组测序技术服务找云生物。湖北地理谱系遗传小基因组测序服务

    叶绿体基因组楝科植物叶绿体揭示物种进化遗传标记：叶绿体基因组（cpDNA）在大多数种子植物中是母系遗传，与核基因组相比，cpDNA显示出致密的基因含量和较慢的进化速率。楝科（Meliaceae）属于蔷薇亚纲无患子目，主要由***分布在热带地区得乔木和灌木组成。楝科植物具有极高的经济价值，应用叶绿体基因组开发木材种属鉴定的遗传标记具有很大的研究价值。对Cedrelaodorata，Entandrophragmacylindricum，Khayasenegalensis和Carapaguianensi四种楝科的叶绿体基因组进行测序组装，cpDNA呈环状，大小在158,558~160,737bp之间，典型的四分体结构，即由两个反向重复序列组成（IRa和IRb），分别由大（LSC）和小（SSC）单拷贝区分开。四个新测序的楝科植物的每个cpDNA中，注释了112个基因（包括78个蛋白质编码，30个tRNA和4个rRNA基因），其中18个在IR区域中重复，总共编码85种蛋白质，37种tRNA和8种rRNA共130种基因。内含子大小范围从trnL-UAA的532bp到trnK-UUU的2535bp。rps12基因存在反式剪接。 陕西植物叶绿体基因组小基因组测序售后分析云生物提供泛基因组共有特有基因统计。

    InDel检测及注释：InDel是DNA序列的插入（Insertion）和缺失（Deletion）现象的总称，狭义的InDel表示1~10bp的短InDel。在基因组编码区域，InDel的发生可能会引起移码突变、氨基酸改变、假基因的出现等等现象。这里分析的是狭义的InDel。利用LASTZ软件将样品和参考序列进行比对，检测得到初步InDel结果。然后取参考序列InDel位点上下游150bp与样品的测序reads用BWA软件及SAMtools进行比对验证，过滤得到可靠的InDel。SV检测：基因组结构变异（SV，StructuralVariation）通常是指基因组内DN**段缺失、插入、重复、倒位、异位。使用MUMmer软件对目标基因组和参考基因组进行比对，再使用LASTZ对区域间进行比对，从区域比对结果中查找SV。

    编码基因分析：基因是控制生物性状的遗传单位，即一段具有遗传效应的功能性DN**段。它通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息，从而控制生物个体的性状表现，特有基因的存在导致个体有特殊的功能。研究基因是研究生物个体的首要目标。我们采用同源比对预测和Denovo预测相结合的方法对样本基因组进行基因预测。我们利用参考基因组的蛋白序列来进行同源比对预测，先把蛋白序列快速比对到样本基因组序列，过滤不好的比对结果，去冗余，然后运行Genewise做精确比对。AUGUSTUS软件可对线粒体/叶绿体基因组进行Denovo基因预测。***对基因集进行校正、整合，得到样品基因组编码基因。 关于小基因组测序的国自然基金有哪些？

非编码RNA分析：非编码RNA（ncRNA）执行多种生物学功能的RNA分子，其本身并不携带翻译为蛋白质的信息，直接在RNA水平对生命活动发挥作用。相比于“垃圾RNA”的旧观念，人们开始认识到生物体内富含的这类RNA的无穷潜力。研究非编码RNA不仅为了解生物体的基因表达调控系统和生长提供了重要信息。对于叶绿体而言，非编码RNA的主要类型包括rrn5，rrn4.5，rrn16，rrn23；植物线粒体的非编码RNA类型包括rrn5，rrn18，rrn26；***和动物线粒体的非编码RNA类型包括rrnS，rrnL。细胞质中主要的遗传物质的载体是线粒体和叶绿体。青海小基因组完成图小基因组测序售后服务

专业生物信息团队，提供人工基因注释矫正，满足NCBI数据库上传要求，高质量结果交付，助力高水平研究。湖北地理谱系遗传小基因组测序服务

    线粒体全基因组重测序：技术流程：基因组提取—PCR—构建文库—3730测序—数据拼接—数据比对—SNP注释物种：人、大鼠、小鼠样本要求：血液、新鲜组织、细胞项目周期：20个人的线粒体基因组测序和分析共计25个工作日。备注：本公司引物为**产品，不提供引物序列。线粒体DNA拷贝数检测：技术流程：基因组提取—数字PCR检测—单细胞拷贝数分析物种：人、大鼠、小鼠样本要求：血液、新鲜组织、细胞项目周期：20个人的线粒体基因组测序和分析共计10个工作日。备注：探针引物为本公司自己设计合成，内参探针采用LIFE探针。线粒体多态性/异质性检测：1、样品采集：鉴于线粒体在不同组织中的含量差异大，建议采样时尽量采集线粒体含量相对较高的组织，比如肌肉组织等。2、样品DNA：提供货浓度≥50ng/ul，总量≥5ug，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整。组织样品>3、样品保存期间切勿反复冻融。4、送样务必标清样品编号。 湖北地理谱系遗传小基因组测序服务