1.测序数据概况
(1) 原始测序数据说明
(2) 测序数据质控及统计
(3) 三代测序数据统计
2.基因组组装
3. 基因组组分分析
(1) 编码基因分析
(2) ORFs扫描及跨膜结构预测
(3) 非编码RNA分析
4. 基因功能注释
基因组圈图
高级分析:
比较基因组分析
1.SNP检测与注释
2.Indel检测与注释
3.SV检测
4.基因组共线性分析
5.线粒体与叶绿体基因组片段交流分析
6.共有和特有基因分析
7.系统进化分析、选择压力分析
定制化生信分析
1.密码子偏好性分析
2.长重复序列Long repeat分析
3.简单重复序列SSR分析
4.基因表达量及表达差异分析(可由客户提供RNAseq) 云生物小基因组测序一对一的生物信息分析。广东小基因组完成图小基因组测序多少钱
线粒体基因组与疾病研究:线粒体是生物细胞内的能量工厂,具有单独的基因组。线粒体是核外**含有遗传效应物质的细胞器,能够**进行基因的转录、翻译和蛋白质的表达,起基因组约占人类基因组的1%,比核DNA突变率高约10倍,损伤修复能力比核DNA低。研究线粒体基因组序列,有助于研究细胞代谢,线粒体遗传病及法医研究等。云生物拥有多种物种线粒体基因组检测**,可以快速准确的测序线粒体基因组。同时利用数字PCR仪,还可对线粒体数目进行精确的拷贝数定量,还可以用焦磷酸测序仪对线粒体多态性和异质性进行检测。贵州地理谱系遗传小基因组测序哪家好技术团队负责人均9年以上从业经验,项目经验丰富,提供可以个性化方案定制。
南五味子含有17个正向重复序列,16个回文重复序列和25个串联重复序列。五味子包含30个正向重复序列,13个回文重复和25个串联重复。而八角茴香含有8个正向重复序列,21个回文重复和32个串联重复。长度为30-40bp的重复**常见的(平均%),切位于非编码区的重复比例高于编码区。采用mVISTA和DnaSP程序分析叶绿体基因组水平的总体序列同一性,并检测五味子科叶绿体基因组中的不同区域。结果表明,叶绿体基因组存在高度的共线性和基因顺序保守性,同时非编码区域的差异比编码区域更高。IR的扩增和收缩导致各种植物谱系之间的基因组大小变化,可用于研究植物谱系的系统发育分类和基因组进化。与其他植物叶绿体谱系相比,五味子科中的IR具有10kb的收缩。IRa/SSC边界延伸到ycf1,导致三种Schisandraceae叶绿体基因组中的存在ycf1假基因。
线粒体、叶绿体的内膜和外膜存在明显的性质和成分差异。外膜与真核细胞 的内膜系统具有性质上的相似,可与内质网和高尔基体膜融合沟通;而它们的内膜则与细菌质膜相似,内陷折叠形成细菌的间体、线粒体的蜡和叶绿体的类囊体。在膜的化学成分上,线粒体和 叶绿体内膜的蛋白质与脂质的比值远大于外膜,接近于细菌质膜的成分。这些特性都暗示线粒体和叶绿体的内膜起源于**初的共生体(呼吸细菌和蓝细菌)的质膜,而外膜则来源于它们的宿主 (共生体进入宿主细胞时包被形成)。小基因组测序的主要特点都有哪些呢?
2018年《ScientificReports》发表了五味子植物的叶绿体进化研究[3],就通过叶绿体基因组的SSR研究等,讨论了物种的动态演化过程。可见,通过对序列信息的深入解析,就可以获得包括物种分类,系统进化,地理谱系遗传等信息——无论是动物还是植物,无论是叶绿体研究还是线粒体研究,都可以实现系统进化和选择压力的分析。除此以外,我们可以将所有样本中均存在的同源基因作为共有基因(Coregene),去掉共有基因后,得到非共有基因(Dispensablegene)。特有基因(Specificgene)为只有该样品特异拥有的基因。所有非共有基因与共有基因合并作为泛基因集(Pangene)。其***有基因(Coregene)和特有基因(Specificgene)很可能与样品的共性和特性相对应,可以作为样本间功能差异的研究依据。叶绿体和线粒体基因组研究,圆满真的不止步在一个圆,透过各式各样的比较基因组分析,可以撰写出许多精彩绝伦的故事来。 云生物提供小基因组测序的质检报告吗?湖北地理谱系遗传小基因组测序哪家好
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植物叶绿体介绍:叶绿体(chloroplast,cpDNA)是藻类和植物体绿色细胞中存在的有色质体,虽然受限于核基因组,但拥有自身的遗传物质和遗传体系,是一种半自主细胞器。叶绿体参与细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程。随着高通量测序技术的快速发展,利用叶绿体来研究细胞器的起源、结构、进化正受到越来越广泛的关注。云生物负责对每一个样本的叶绿体DNA(cpDNA)进行富集及抽提,有自主研发的细胞器提取技术,提取经验丰富。有专业团队负责跟进每一个项目,从细胞器DNA制备、Hiseq建库及测序、后续生物信息分析,直至为客户提供满意的结果。为了获得高质量的叶绿体基因组完成图,推荐结合Pacbio三代测序。我们的优势:1.项目经验丰富,已经完成及在线的叶绿体已逾100个;2.组装经验丰富,提供极高质量的叶绿体基因组完成图,超过98%的样品组装到完成图水平;3.各种个性化分析,致力于满足老师的各种分析需求。 广东小基因组完成图小基因组测序多少钱