虽然焦磷酸测序可以进行单个位点甲基化程度的精确定量,但是目前来看,测序的片段长度还比较短,只有一百多bp,其中有效长度约为60bp。以上是对几种常用的特异位点甲基化检测方法进行了介绍及比较,还有一些检测技术是在常用的检测手段上进行优化或者将不同的方法进行结合应用,比如以MSP方法为基础,发展了SMART-MSP技术,该技术利用定量技术对MSP扩增过程进行检测,同时后续结合HRM技术来分析甲基化差异。此外,利用质谱平台进行甲基化检测的有MALDI-TOF技术,可以对甲基化进行精确检测并能进行高通量筛选。从对这些技术的比较分析来看,没中检测技术都有各自的优点,并也存在一定的局限性,研究者可以根据自己的实际研究情况进行选择。在特异甲基化位点检测上,能够提供BSP、HRM及焦磷酸测序三种技术的完整的检测服务,具有丰富的经验,帮助客户加速甲基化研究进程。 DNA异常甲基化与疾病的发生、发展有着密切的联系。四川6mA技术服务售后服务
DNA甲基化(DNAmethylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体,将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中,DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观(epigenetic)修饰,它在不改变DNA序列的情况下,对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用,这种修饰是可逆的,并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明,DNA异常甲基化与**的发生、发展、细胞*变有着密切的联系。DNA甲基化在**中的作用主要表现在以下几个方面:一是甲基化的CpG岛二核苷酸中的胞嘧啶以较高的频率脱氨基变成胸腺嘧啶,造成碱基突变;二是抑*基因和DNA修复基因由于超甲基化而沉默;三是*基因甲基化水平降低而活化;四是基因组总体甲基化水平降低使转座子、重复序列活化导致染色体稳定性下降。这些因素是导致**发展、转移、恶化**终导致患者死亡的重要原因。其中后三个方面源于甲基化水平的改变,而甲基化的过程是可逆的,因此可以甲基化位点为靶点,靶向用药进行**的预防、***。 四川6mA技术服务售后服务强化版RRBS技术及应用是高性价比方案。
GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA数据,在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果,是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的,并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。
DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现,使得DNA甲基化研究受到***关注,从医学领域扩展到动植物研究当中,同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种,从应用上来分,大致可以分成两类:全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面,我们就这两大类检测技术进行分析比较,以便于在实际的科研工作中进行选择。云生物提供甲基化服务。
6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类):放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、植物组织(包含藻类):干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;四、样本量要求1、基因组DNA:不少于6ug1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类):1g以上;植物组织,不同组织,送样量不同植物组织:从植物体上,取下新鲜组织,用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;取不少于1g叶片等组织,对于果实等含糖很高的组织,送样前需要咨询技术人员。3、动物组织:30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液;取不少于30mg(1/2绿豆大小)组织块,放置-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。广东WGBS技术服务服务
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DNA甲基化修饰类型。5mc是表观遗传**重要的一种修饰,***存在于植物、动物等真核生物基因组中,被誉为“第五碱基”;5hmc是***发现的一种修饰碱基,成为哺乳动物的“第六碱基”;6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。1992年,Frommeretal.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此,BisulfiteSequencing(BS)成为金标准方案。其特点是:单碱基分辨率;结合测序。甲基化5mc检测的金标准——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化检测**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。 四川6mA技术服务售后服务