上海WGBS技术服务共同合作

    将待测DNA经过亚硫酸盐处理，通过PCR扩增过程引入T7启动子序列，经T7DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物，经碱基特异性酶切处理，得到RNA小片段，并用飞行质谱检测每个片段的分子量，***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势·检测片段长：扩增片段长度可达500bp·高灵敏度：可发现低至5%甲基化水平，样本起始量低至10ng。·重复性好：变异系数CV≤5%。·高性价比：用384孔板进行PCR反应，一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析，无需后续验证，可直接用于文章发表。服务内容1.根据客户提供的序列信息进行预评估；2.进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。3.使用特殊设计的一对引物扩增样本，得到带有T7RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。4.在体外转录体系中，利用T7RNA聚合酶，将扩增产物转录为RN**断。5.利用RNaseA能够特异性识别并切割RNA中U3’端的特性，将RN**断切割成携带有CpG位点的小片断。6.使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中，只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别，即质谱图中两者峰的差距。 5mc是表观遗传重要的一种修饰，存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”。上海WGBS技术服务共同合作

    全基因组甲基化测序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合，对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序，是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势DNA甲基化检测**有力的工具单碱基分辨率，检测每个C碱基的甲基化状态全基因组范围，**限度地获得甲基化信息适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>=30X信息分析基于全基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 6mA技术服务共同合作甲基化验证方案是TBS。

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能，因此是EWAS的理想之选。其他优势包括：***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%（针对技术性重复）98%（针对传统HumanMethylation450K芯片对照，MethylationEPIC芯片采用的相同样本）>90%（针对HumanMethylation450K位点内容）用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程，可以从低样本起始量（低至250ng）同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量，因此能实现超级精细的解析度，方便用户了解表观遗传的变化。

GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA数据，在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果，是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的，并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。

    全基因组甲基化测序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序，对有参考基因组进行全基因组的单碱基分辨率的甲基化检测“金标准”方案，***用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。灵长类早期着床前胚胎发育中的DNA甲基化重编程研究——(团队成员发表).(IF=)灵长类胚胎发生的关键表观遗传调控需要DNA甲基化重编程。我们首先建立了基于转座酶的超微量WGBS测序技术，详细研究了猕猴早期着床前胚胎7个阶段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化动态变化过程。******阐明了DNA甲基化动力学的“盈与亏”阶段特征，并通过DNA甲基转移酶功能缺失实验表明DNA甲基化影响早期猴胚胎发育。 在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。上海WGBS技术服务共同合作

云生物提供DNA甲基化和羟甲基化的表观实验和信息分析技术服务。上海WGBS技术服务共同合作

    随着二代测序技术的告诉发展，测序成本大幅度下降，使得真正实现全基因组甲基化分析的研究成为可能。随着人类甲基化图谱绘制成功，已经陆续有多个物种的甲基化图谱构建完成。研究者将传统的DNA甲基化检测方法，如亚硫酸氢盐转化与高通量测序相结合，可以实现单碱基精度的甲基化图谱的构建。此外将成熟的MeDIP技术与二代测序相结合，可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此该技术也特别适用于大样本量的疾病表观研究。第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。 上海WGBS技术服务共同合作