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    全基因组甲基化测序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合，对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序，是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势DNA甲基化检测**有力的工具单碱基分辨率，检测每个C碱基的甲基化状态全基因组范围，**限度地获得甲基化信息适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>=30X信息分析基于全基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 FFPE样本只需要室温运输。上海6mA技术服务欢迎咨询

甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM)

通过熔解曲线分析可以将单碱基序列的差异转变成熔解曲线的差异，因此DNA样本经过亚硫酸氢盐处理后，甲基化与未甲基化DNA会存在序列差异，这种差异可通过熔解曲线分析来发现。使用该方法进行甲基化分析*需一对引物，相对简单，不过这种方法对仪器的要求颇高，需要带HRM模块的荧光定量PCR仪，并且在进行实时定量PCR过程中，需要使用饱和的荧光染料。利用MS-HRM技术进行甲基化检测只能对检测片段整体甲基化情况进行分析，并不能明确每个CpG位点的甲基化状态。因此这种技术适用于大量样本的检测，筛选出感兴趣的CPG位点，然后利用其他方法进行单个位点的精确检测及甲基化程度的精确定量。 辽宁RIP-seq技术服务专业服务重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。

    WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本：室温保存三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE样本：室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA：常规WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本：常规WGBS，不少于5x10*6个细胞；微量WGBS，5000个细胞1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；2）***一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;3、全血样本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织：动物组织，30mg以上;植物组织，不同组织。

    DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化转移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中，DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观（epigenetic）修饰，它在不改变DNA序列的情况下，对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用，这种修饰是可逆的，并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明，DNA异常甲基化与**的发生、发展、细胞*变有着密切的联系。DNA甲基化在**中的作用主要表现在以下几个方面：一是甲基化的CpG岛二核苷酸中的胞嘧啶以较高的频率脱氨基变成胸腺嘧啶，造成碱基突变；二是抑*基因和DNA修复基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因组总体甲基化水平降低使转座子、重复序列活化导致染色体稳定性下降。这些因素是导致**发展、转移、恶化**终导致患者死亡的重要原因。其中后三个方面源于甲基化水平的改变，而甲基化的过程是可逆的，因此可以甲基化位点为靶点，靶向用药进行**的预防、***。 提供样本DNA完整性质检结果。

DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人员可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的850,000多个甲基化位点。包括FFPE在内的多重样本可以并行分析，以便在每样本比较低成本的情况下实现高通量功能。依托业界**的Infinium实验分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表观基因组关联研究(EWAS)的理想之选。它提供了由**精选的***的覆盖范围，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG岛，高覆盖度的增强子区域和其他内容类别。由于超过90%的Infinium HumanMethylation450K位点内容都涵盖在内，因此新一代MethylationEPIC试剂盒对这些位点也完全支持。5hmc是发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”。广东Chip-seq技术服务欢迎咨询

焦磷酸测序能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测。上海6mA技术服务欢迎咨询

发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通过RRBS测序，比较了早期驯化的

(n=12)与野生的(n=12)

欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化，发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异，但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠，表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。 上海6mA技术服务欢迎咨询