四川RRBSDNA甲基化方案

miRNA的超甲基化：**细胞另一个重要的特点是miRNA表达水平的整体下降，通常也是由于miRNA启动子区域高甲基化造成的。这种miRNA表达失活不仅与**的发***展有关，而且与**的转移密切相关。如**细胞中miR-148a、miR-34b/c、miR-9这三种miRNA都发生了明显得超甲基化，同时外源表达这三种miRNA均可抑制**细胞的生长和转移。**发生是一个涉及多基因、多步骤的复杂过程，越来越多的研究表明DNA甲基化在**的发生、发展、转移中起到了重要的作用，特征性甲基化位点对于**的诊断、分型、预后及***具有重要意义。ATAC-seq实验过程短，从实验到分析可达2周。四川RRBSDNA甲基化方案

DNA修复基因高甲基化：DNA错配修复系统（mismatchrepairsystem,MMR）是在人类细胞中存在的一种修复DNA碱基错配的自身保障体系，由一系列特异修复DNA错配的酶组成，它不同于其它抑制基因对细胞的无序增长具有直接的作用，而是通过修复DNA复制过程中产生的错误，维持基因组的稳定性，避免突变，间接抑制**的发生。目前已发现人类的MMR系统含有9个错配修复基因，其中以hMLH1和hMSH2功能**为重要。MMR基因保证了DNA复制的高度保真，一旦MMR基因发生突变或启动子甲基化引起错配修复基因失活，导致机体错配修复功能的降低，进而导致整个基因组的不稳定，从而使某些*基因和抑*基因的突变在体内得到快速聚集，**由此发生，表现为**细胞的DNA多为二倍体或近二倍体的含量。MMR基因启动子高甲基化在结直肠*、胃*、脑胶质瘤等**细胞中均有报道。四川RRBSDNA甲基化方案在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。

强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。单碱基分辨率，全基因组范围，富集启动子/CpG岛甲基化调控区域，适合人和哺乳动物、动物及鱼类，适合细胞、全血及新鲜冷冻组织，不适合cfDNA及FFPE等片段化样本。项目介绍：简化基因组甲基化测序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段，经Bisulfite处理和高通量测序技术进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案，测序量大幅减少，在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。

联合亚硫酸氢钠的限制性内切酶分析法（COBRA）：这种方法是将亚硫酸氢盐处理与酶切相结合来进行甲基化检测。DNA样本经亚硫酸氢盐处理后，利用PCR扩增。扩增产物纯化后用限制性内切酶（BstUI）消化。若其识别序列中的C发生完全甲基化(5mCG5mCG)，则PCR扩增后保留为CGCG，BstUI能够识别并进行切割；若待测序列中，C未发生甲基化，则PCR后转变为TGTG，BstUI识别位点丢失，不能进行切割。这样酶切产物再经电泳分离、探针杂交、扫描定量后即可计算出原样本中甲基化的比例。这种方法**的优点就是相对简单，可进行快速定量，且需要的样本量少。然而，它的局限性也十分明显，只能获得特殊酶切位点的甲基化情况，且阴性结果并不能排除样品DNA中存在甲基化的可能。FFPE样本只需要室温运输。

上皮型钙黏附素（E-cadherin）是介导细胞间粘附的一种跨膜糖蛋白，其编码基因CDH-1属于**侵袭转移抑制基因。在**组织中，E-cadherin表达的下调或沉默可导致细胞间相互黏附力减弱，造成**细胞的分散，脱离原发灶处而转移。而E-cadherin下调的因素之一就是其启动子区域CpG岛的超甲基化。**细胞突破血管内皮及基底膜进入血循环是**细胞侵袭和转移的重要步骤。基底膜组成蛋白Nidogen的缺失将严重影响基底膜的完整性，有利于**细胞顺利通过进入血循环进而发生侵袭转移。有研究表明，Nidogen基因启动子在**细胞中表现出很高的甲基化水平，而在正常细胞中却极少或没有发生甲基化。另外，某些miRNA（如MiR-148a、miR-34b/c、miR-9）能够起到抑制**细胞生长和转移的作用，而在**细胞中，这些miRNA通常由于发生超甲基化而沉默。DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。天津hMeDIP-SeqDNA甲基化怎么样

重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。四川RRBSDNA甲基化方案

第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。甲基化特异性PCR（MS-PCR）：DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNACpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。四川RRBSDNA甲基化方案