山东WGBSDNA甲基化专业服务

高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。科学方案：设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果。样本要求：基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点)；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>100X。信息分析：基于靶向序列的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在组间样本的可视化，多样本甲基化聚类与临床样本特征关联分析等。5mc是表观遗传重要的一种修饰，存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”。山东WGBSDNA甲基化专业服务

第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。甲基化特异性PCR（MS-PCR）：DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNACpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。北京6mADNA甲基化共同合作CpG岛常位于基因转录调控区附近。

全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合，对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序，是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势：DNA甲基化检测**有力的工具，单碱基分辨率，检测每个C碱基的甲基化状态，全基因组范围，**限度地获得甲基化信息，适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本。

Sequenom MassArray甲基化检测：服务内容1.根据客户提供的序列信息进行预评估；2.进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。3.使用特殊设计的一对引物扩增样本，得到带有T7RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。4.在体外转录体系中，利用T7RNA聚合酶，将扩增产物转录为RN**断。5.利用RNaseA能够特异性识别并切割RNA中U3’端的特性，将RN**断切割成携带有CpG位点的小片断。6.使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中，只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别，即质谱图中两者峰的差距。中小样本筛选, 大样本中进一步验证。

850K芯片技术优势：MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能，因此是EWAS的理想之选。其他优势包括：***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%（针对技术性重复）98%（针对传统HumanMethylation450K芯片对照，MethylationEPIC芯片采用的相同样本）>90%（针对HumanMethylation450K位点内容）用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程，可以从低样本起始量（低至250ng）同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量，因此能实现超级精细的解析度，方便用户了解表观遗传的变化。筛选耐药的相关biomaker及表观调控机制。上海oxBSDNA甲基化服务

基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。山东WGBSDNA甲基化专业服务

DNA甲基化在**转移过程中发挥着重要作用，如有研究发现了数个可以诱导EMT的转录因子，在正常细胞中它们表现为高甲基化水平因而其表达受到抑制，但在**细胞中它们的甲基化水平偏低而出现高表达。利用DNA甲基转移酶（methyltransferase）抑制剂5-氮杂胞苷（5-aza-cytidine）处理MCF-7乳腺*细胞，使其维持低甲基化状态，结果显示与EMT过程相关的促细胞侵袭基因（pro-invasive EMT-associated gene）表达上调，细胞的侵袭能力和转移能力增强。此类研究结果值得我们深思，采用DNA甲基转移酶抑制剂来*****固然可能抑制原*基因的表达，但也可能造成**细胞转移播散增加的风险。山东WGBSDNA甲基化专业服务