全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合,对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序,是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势:DNA甲基化检测**有力的工具,单碱基分辨率,检测每个C碱基的甲基化状态,全基因组范围,**限度地获得甲基化信息,适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本。云生物提供DNA甲基化和羟甲基化的表观实验和信息分析技术服务。山东焦磷酸测序DNA甲基化专业服务
DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体,将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中,DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观(epigenetic)修饰,它在不改变DNA序列的情况下,对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用,并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明,DNA异常甲基化与**的发生、发展、细胞*变有着密切的联系。重庆MeDIP-SeqDNA甲基化专业服务焦磷酸测序技术服务基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平台。
DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现,使得DNA甲基化研究受到***关注,从医学领域扩展到动植物研究当中,同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种,从应用上来分,大致可以分成两类:全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面,我们就这两大类检测技术进行分析比较,以便于在实际的科研工作中进行选择。
6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段,结合NGS测序技术在全基因组水平上分析6mA修饰信息。6mA样本要求:基因组DNA:>=5ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:20-30MReads。信息分析:基于全基因组范围的6mA分析,数据质控、Peak锋Calling,Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本甲基化差异聚类、DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具。
甲基化研究项目各学科细分分析:从各学科细类中标金额和中标数量分析,**学依然是甲基化研究的热点方向,该方向总计中标金额2217万元,中标数量57项。其它细分学科包括预防医学、遗传学与生物信息学、检验医学也占有不少份额。甲基化研究项目各单位中标情况分析:经过整理,甲基化项目类中标单位共105家单位,按中标项目金额排列如下(截取部分超过百万的项目)。甲基化研究方向细分热点分析:"游离DNA甲基化"、"m6A-RNA甲基化",“羟甲基化”等均是甲基化研究方向的重点关注内容。尤其值得关注的是m6A相关研究近年来呈直线上升态势,成为国自然的热点。DNA异常甲基化与疾病的发生、发展有着密切的联系。重庆MeDIP-SeqDNA甲基化专业服务
高通量BSP测序结果多种展示形式。山东焦磷酸测序DNA甲基化专业服务
芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具,已经在很多领域有了相应的应用。多家芯片公司在DNA甲基化这块儿有了相应的产品提供,其中应用**为***的就Agilent平台和Illumina平台,相应的产品包括Agilent Human CpG Island Microarray Kit,Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450K BeadChip。另外Roche NimbleGen和Affymetrix也有相应的芯片推出,但是NimbleGen的芯片今年下半年已经停产不同的芯片平台,各自的实验过程也是不一样的。安捷伦前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)技术。将基因组DNA分成两份,一份用来做 MeDIP,另一份作为对照。两个样品都标记荧光(富集的样品用Cy5标记,对照用Cy3标记),然后与芯片杂交。芯片上每个探针的Cy5/Cy3强度比例显示出该区域的甲基化程度。山东焦磷酸测序DNA甲基化专业服务