陕西RIP-seq技术服务经验丰富

    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 云生物提供甲基化服务。陕西RIP-seq技术服务经验丰富

    N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一，在细菌、藻类及植物基因组中***存在，在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。6mA免疫沉淀测序(6mA-IPSeq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找6mA甲基化区域。技术优势全基因组范围鉴定6mA甲基化修饰区域技术方法适合所有物种(一般推荐藻类及植物)科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>50ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 广东hMeDIP-Seq技术服务活动通过甲基化数据与耐药基因Panel数据联合分析。

    DNA甲基化修饰类型。5mc是表观遗传**重要的一种修饰，***存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”；5hmc是***发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”；6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。1992年，Frommeretal.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此，BisulfiteSequencing（BS）成为金标准方案。其特点是：单碱基分辨率；结合测序。甲基化5mc检测的金标准——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化检测**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。

亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)

这种方法一度被认为是DNA甲基化分析的金标准。它的过程如下：经过亚硫酸氢盐处理后，设计引物进行PCR扩增目的片段，并对PCR产物进行克隆测序，将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但因为涉及到测序，其结果准确但要求克隆时所挑克隆较多，操作繁琐，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依赖于挑选克隆的数目，因此这种方法只能算得上是一种半定量的技术方法。

目前一般会先用BSP找到甲基化位点，然后根据甲基化位点设计MSP引物，进行相应PCR条件摸索，以用于大量样本的筛选。 在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。

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甲基化验证是甲基化研究必不可少的一环。陕西RIP-seq技术服务经验丰富

    重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段，对于大样本量甲基化研究来说，更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目，具有更快速的实验周期及低成本优势。技术优势高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合，单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果样本要求：基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点)；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>。 陕西RIP-seq技术服务经验丰富