浙江TBS技术服务经验丰富

    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 人类基因组有约56M的CpG位点，CpG岛约3万个。浙江TBS技术服务经验丰富

    Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点，都不能到达单碱基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测，采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点，一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的，而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP，它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例，可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用，除了和**相关的甲基化筛选之外，也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品，研究者给予了很高的评价，目前此产品已停产，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外，还包括CpG岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。 浙江Chip-seq技术服务全基因组甲基化测序是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合。

    简化基因组甲基化测序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段，经Bisulfite处理和高通量测序技术进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案，测序量大幅减少，在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析，每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计；及时高效的沟通；以保障高质量研究成果。信息分析基于简化基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

联合亚硫酸氢钠的限制性内切酶分析法（COBRA）

这种方法是将亚硫酸氢盐处理与酶切相结合来进行甲基化检测。DNA样本经亚硫酸氢盐处理后，利用PCR扩增。扩增产物纯化后用限制性内切酶（BstUI）消化。若其识别序列中的C发生完全甲基化(5mCG5mCG)，则 PCR扩增后保留为CGCG，BstU I能够识别并进行切割；若待测序列中，C未发生甲基化，则PCR后转变为TGTG，BstUI识别位点丢失，不能进行切割。这样酶切产物再经电泳分离、探针杂交、扫描定量后即可计算出原样本中甲基化的比例。

这种方法**的优点就是相对简单，可进行快速定量，且需要的样本量少。然而，它的局限性也十分明显，只能获得特殊酶切位点的甲基化情况，且阴性结果并不能排除样品DNA中存在甲基化的可能。 羟甲基化DNA免疫沉淀测序是通过5hmC特异性抗体富集结合高通量测序技术。

    2019国自然基金解析—甲基化研究专题。从生命科学部和医学科学部总体来看：2019年度，生命科学部获自然科学基金委批准资助6478项（不含杰出青年基金项目），批准资助金额共计，单项平均资助金额。2019年度，医学科学部共批资助10138项（不含杰出青年基金项目），批准资助金额共计，单项平均资助金额。从甲基化研究方向来看，与甲基化研究相关的项目总数达283项，项目总金额超过12669万元。其中生命科学部项目总数62项，项目金额3235万元，医学科学部项目总数221项，项目金额9434万元。从2011-2019年甲基化研究方向的项目金额和项目数目分析，整体呈上升趋势；从医学科学部来看，甲基化研究项目获批数量221项，项目金额达到9434万，较之2018年度项目获批金额（7166万元）上升趋势尤为明显，可以看出，甲基化研究日益成为国自然的研究热点。 焦磷酸测序能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测。辽宁ATAC技术服务售后服务

cfDNA，cell free DNA，就是血液中游离的自身DNA。浙江TBS技术服务经验丰富

亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)

这种方法一度被认为是DNA甲基化分析的金标准。它的过程如下：经过亚硫酸氢盐处理后，设计引物进行PCR扩增目的片段，并对PCR产物进行克隆测序，将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但因为涉及到测序，其结果准确但要求克隆时所挑克隆较多，操作繁琐，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依赖于挑选克隆的数目，因此这种方法只能算得上是一种半定量的技术方法。

目前一般会先用BSP找到甲基化位点，然后根据甲基化位点设计MSP引物，进行相应PCR条件摸索，以用于大量样本的筛选。 浙江TBS技术服务经验丰富