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DNA甲基化基本参数
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DNA甲基化企业商机

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台,可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因,其中2128个和**发生有关系。从功能上分,有256基因和细胞凋亡有关,1273个基因和信号传导有关,487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。上海6mADNA甲基化经验丰富

Sequenom MassArray甲基化检测:将待测DNA经过亚硫酸盐处理,通过PCR扩增过程引入T7启动子序列,经T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物,经碱基特异性酶切处理,得到RNA小片段,并用飞行质谱检测每个片段的分子量,***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势:·检测片段长:扩增片段长度可达500bp·高灵敏度:可发现低至5%甲基化水平,样本起始量低至10ng。·重复性好:变异系数CV≤5%。·高性价比:用384孔板进行PCR反应,一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析,无需后续验证,可直接用于文章发表。山东WGBSDNA甲基化专业服务云生物提供DNA甲基化和羟甲基化的表观实验和信息分析技术服务。

甲基化DNA免疫沉淀测序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势:全基因组范围鉴定甲基化修饰区域,针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域,与WGBS技术相比,成本更低。科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。

6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段,结合NGS测序技术在全基因组水平上分析6mA修饰信息。6mA样本要求:基因组DNA:>=5ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:20-30MReads。信息分析:基于全基因组范围的6mA分析,数据质控、Peak锋Calling,Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本甲基化差异聚类、DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。

**预防和***的一个手段是通过去甲基化恢复某些关键的抑*基因或DNA修复基因的活性,目前研究**多的是DNMTs抑制剂,它通过抑制DNMT活性以逆转异常的DNA甲基化。**个表型修饰药物为5-azacytidine及其类似物5-aza-2'-deoxycytidine(5-aza-CdR),这类药物已经美国FDA批准用于白血病前骨髓增生异常综合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的类似物,在DNA复制过程中可以掺入到DNA链中,一方面它可以降低DNA接收甲基的能力,另一方面它抑制DNMT活性,导致DNA甲基化水平的降低。体外和体内试验均表明,5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平从而抑制**的能力,临床表明应用5-aza-CdR可提高部分IV期小细胞肺*患者生存率,但该药也存在着不可忽视的毒副作用(如特异性不强,不能针对某一特定抑*基因进行靶向***;高剂量的5-aza-CdR可能诱发**的转移),因此其在临床上的应用受到了很大限制。也有研究表明,低剂量的As2O3可起到***肝*的目的。ATAC-seq实验过程短,从实验到分析可达2周。上海6mADNA甲基化经验丰富

N6-甲基脱氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一。上海6mADNA甲基化经验丰富

**DNA甲基化的变化表现在基因组总体甲基化水平的降低和某一些基因启动子区域CpG岛甲基化水平的升高:抑*基因和DNA修复基因的甲基化使得抑*基因沉默和修复基因失活,因而对于**的抑制作用丧失,同时基因损伤增加;而基因组总体甲基化水平的降低,使原*基因和反转录转座子活化,染色体稳定性下降。抑*基因高甲基化:正常细胞中,由于抑*基因处于较高的转录表达水平,因而维持了细胞的正常状态。但在**细胞中,抑*基因启动子区域的CpG岛处于高甲基化状态,因而抑*基因沉默,使得细胞脱离正常的细胞周期,进入**发生过程。抑*基因CpG岛甲基化**在发现于Rb基因(retinoblastoma,视网膜母细胞瘤),此后在**细胞中陆续发现一些细胞周期调控相关蛋白(p16INK4a、p15INK4a、p14ARF、RASSF1A等)、细胞凋亡基因(DAPK、TMS1等)等的高甲基化现象。其中p16、p53、RASSF1A等在多种**细胞中均表现为高甲基化状态,而其他某些基因*在特定的**细胞中维持高甲基化。上海6mADNA甲基化经验丰富

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